医院于1979年筹建，1984年收治病人，1986年正式挂牌开院；福建省肿瘤防治办公室挂靠医院；1997年被国家卫生部评为三级甲等肿瘤医院；2001年成立福建省肿瘤研究所，与医院合署办公。2013年被列为肿瘤科国家临床重点专科建设单位，2016年成为福建医科大学附属肿瘤医院，2017年被确认为福建省高水平癌症医学中心建设单位，2020年被列为争创国家肿瘤区域医疗中心建设单位，2021年肿瘤放疗科获批国家临床重点专科建设项目，2022年成为福建医科大学肿瘤临床医学院，2023年病理科获批国家临床重点专科建设项目。复旦大学附属肿瘤医院福建医院于2023年正式获批国家区域医疗中心建设项目，开启两个院区建设的新征程。2025年获批国家卫生健康委肿瘤与代谢重点实验室。
医院编制床位1600张，年收治肿瘤病人12.5万人次，设有26个临床专科、11个医技科室和14个肿瘤相关专业研究室。现有职工2714人，专业技术人员2376人，其中高级职称436人，研究生导师185人。医院高层次人才汇集，拥有国家级百千万人才、国家卫生健康突出贡献中青年专家、国务院特殊津贴专家、省优秀人才、省卫生健康突出贡献中青年专家等一批医学领军人才，分别担任国家级学会、协会及其专科分会名誉主任委员、副主任委员、常委等近150人次。
医院作为承担福建肿瘤防治与研究的重要平台，形成肿瘤领域的学科高地、技术高地、人才高地、创新高地、运行高地和服务高地，在肿瘤防控和综合诊疗方面形成特色优势，在全省及周边地区的肿瘤防治工作中发挥着龙头作用。肿瘤放射治疗科、中西医结合科、普外科（肿瘤）、妇科（肿瘤）、病理科、消化内科（肿瘤）、胸外科（肿瘤）、呼吸内科（肿瘤）、临床护理（肿瘤）为国家和省级临床重点专科建设项目。目前已形成集国家临床重点专科、国家药物临床试验机构、国家卫健委重点实验室、福建省肿瘤转化医学重点实验室、福建省肿瘤生物治疗重点实验室、福建省肿瘤早筛早诊前沿技术重点实验室、福建省肿瘤精准医疗产业技术创新研究院、福建省肿瘤精准诊断与免疫治疗工程研究中心、福建省肿瘤放射与免疫治疗临床医学研究中心、福建省肝胆胰肿瘤临床医学研究中心、福建省妇科恶性肿瘤精准治疗临床医学研究中心和福建省消化、呼吸与泌尿生殖系统恶性肿瘤放射与治疗临床医学研究中心、肿瘤大数据中心等为一体的肿瘤防治与研究的重要平台。
复旦大学附属肿瘤医院福建医院依托福建省肿瘤医院，平移复旦肿瘤医院先进技术和管理模式，共同建设国家肿瘤区域医疗中心项目。复旦大学附属肿瘤医院和福建省肿瘤医院融合发展，重新构建理念融合、学科融合、技术融合、队伍融合、管理融合、服务融合和文化融合的高水平、高质量新体系。
针对福建省高发癌种，依托复旦肿瘤医院在单病种综合诊疗上的学科领先优势，福建医院以提升5年生存率和生存质量为目标，通过优化资源配置，以常见和疑难复杂肿瘤为重点，深化学科群建设，形成比较优势。聚焦乳腺癌、肝胆肿瘤、胰腺肿瘤、大肠癌、鼻咽癌、妇科肿瘤等单病种多学科综合诊疗新体系的构建，打破学科壁垒，打造以优势学科为主体，相关学科共同参与的“1+N”学科群，并在学科群基础上成立肝胆胰肿瘤诊治中心、鼻咽癌诊治中心、妇科肿瘤诊治中心、乳腺肿瘤诊治中心、大肠癌诊治中心、食管癌诊治中心、胃癌诊治中心、骨软组织肿瘤诊治中心等八大诊治中心，形成福建省高发癌种诊治新能力和国家肿瘤区域医疗中心建设新特色，常见恶性肿瘤5年生存率达到国内先进水平，让群众在福建就能享受到优质医疗服务，改变长途奔波就医现状。
医院坚持党建引领保障，深化文明创建，秉持“团结严谨敬业奉献”的院训，形成精神文明与业务工作交汇融合、双向提升的良好局面，连续五届蝉联全国文明单位，先后获得中国百佳最具影响力肿瘤医疗机构、全国医院医保管理先进单位、全国模范职工之家、全国科教文卫体系统先进工会组织、全国公共机构能效领跑者、全国节约型公共机构示范单位、人文医院文化建设典型、福建省卫生健康系统先进集体等荣誉称号；先后获得南丁格尔奖、全国卫生系统先进工作者、全国优秀科技工作者、全国医德标兵、全国创先争优先进女职工、全国优秀工会工作者、全国巾帼文明岗、全国巾帼建功标兵等国家级荣誉40余人次。