北京市平谷区医院始建于1950年，是一所集医、教、研、防为一体的三级综合公立医院，医保A类定点医院。为京津冀基层医疗协同发展中心，是首都医科大学教学医院、国家消化疾病临床研究中心（北京友谊医院平谷院区）、国家药物临床试验机构、北京市住院医师规范化培训外科基地、北京市防治卒中中心，同时也是平谷地区慢病防治中心、病理诊断中心、影像诊断中心、脑卒中防治中心、耳聋防治中心、胸部肿瘤诊治中心、胸痛中心、肿瘤中心。医院普外科、心血管内科和感染疾病科为北京市临床重点专科。
医院占地面积6.17万平方米，院内建筑面积10.61万平方米。编制病床位960张，临床、医技、职能科室68个。现有职工1572人，高级职称人员224人，中级职称人员793人。拥有博士生导师1人，硕士生导师7人，知名专家16人。博士4人，硕士182人。医院拥有医用电子直线加速器、320排640层高端CT、核磁共振（2台）、血管造影机（2台）及各种彩超、数字拍片机、多功能体外碎石机、腹腔镜、290系列高清消化内镜、天玑骨科手术机器人、体外循环机、高压氧舱等先进的医疗设备。目前外科腔镜微创技术、妇科腔镜微创技术、心血管介入、神经外科微创技术、神经介入微创技术及消化内镜技术达到国内领先水平。
2007年创建了模拟医院，为培养临床医师的动手能力、迅速提高整体手术水平和创新性研究提供了很好的平台。现有17个专业开展手把手培训班，为全国各地培养手术人才。
2016年4月8日，平谷区政府与北京市医管局、首都医科大学附属北京友谊医院正式签订协议，开启“区办市管”管理模式。通过完善制度、优化流程、调整布局、绩效改革、推进专科化建设等快速提升医院管理和服务水平。