牡丹江市妇幼保健院始建于1953年，是全市唯一一所集妇幼保健、医疗、康复、科研、教学为一体的三级甲等妇幼保健机构，是牡丹江市妇女儿童健康保健和疾病诊疗中心，也是全市孕产妇和儿童（含新生儿）急诊急救中心。
医院设总院院区、儿童院区和生殖医学门诊，医院现有医疗保健业务用房30187.14平方米，开放床位305张，设有48个专业科室，基本实现了服务妇女儿童生命健康全周期的能力。医院专科优势突出，拥有2个省级妇幼保健特色专科孕产期保健特色专科、更年期保健特色专科。1个市级重点学科产科，6个市级重点专科妇科、新生儿科、儿内科、儿外科、遗传科、超声科。年平均门诊量约30万人次，住院病人约1.5万人次。
全院现有职工635人，其中卫生专业技术人员509人，高级职称204人，硕士研究生43人，省政府津贴1人、市级“龙江名医”2人、市级学科带头人2人、市级知名专家2人、市级学科重点人才3人，二级岗位专家1人，有30余人在市医学会担任主任委员、副主任委员、秘书等职务。
儿童院区于2013年10月正式成立，是黑龙江省地市级唯一一家集医疗、预防、科研、急诊、急救为一体的儿童专科医院，开通了黑龙江省东部地区唯一的新生儿急诊急救远距离转运120和儿童急救120绿色通道，填补了我省东部地区小儿急诊急救项目的空白。
生殖医学科创建于2006年，2010年通过省卫生厅审批可开展夫精宫腔内人工授精（IUI），2022年6月通过国家级评审可开展体外受精一胚胎移植（IVF-ET）、卵细胞浆内单精子显微注射技术（ICSI），是牡丹江地区唯一获得开展试管婴儿资质的医疗机构。生殖医学中心现有专业技术人员16人，全员均经过国家辅助生殖培训机构的专科培训，掌握规范、先进的辅助生殖技术，是一支高水平、技术规范、开拓进取的医疗队伍，团队开展各种不孕、不育的检查和诊断技术、针对不孕不育的一般治疗、诱发排卵、夫精宫腔内人工授精（IUI）、体外受精﹣胚胎移植（IVF-ET）、卵细胞浆内单精子显微注射（ICSI）、囊胚培养、胚胎冷冻保存、精子冷冻保存、附睾取精（PESA）、睾丸取精（TESA）、多胎妊娠减胎术、卵巢过度刺激综合症的处理、反复胚胎种植失败、复发性流产的诊断与治疗、辅助生殖护理周期指导等。
医院是黑龙江省东南部地区唯一获省卫建委批准开展产前诊断和技术的医疗机构，中国宫颈癌防治工程定点医院、国家“先天性结构畸形救助”定点医院、中国东北妇科联盟医院、全省首批“省级儿童早期发展示范基地”，黑龙江省新生儿专科联盟区域分中心、黑龙江省儿童康复联盟成员单位。