甘肃省疾病预防控制中心、甘肃省预防医学科学院成立于2001年8月，是由原省卫生防疫站、省职业病防治研究所、省结核病防治所、省地方病防治研究所和省放射卫生防护监督检测所5个机构归并重组而成。

中心加挂“甘肃省卫生检验检测中心”、“甘肃省食品安全风险评估中心”、“国家食品安全风险监测甘肃中心”的牌子。中心现为兰州大学、西北师范大学、西北民族大学、甘肃农业大学、甘肃中医药大学、温州医科大学教学实习基地。中心现为省内首家获得职业卫生甲级服务资质的单位。中心放射性核素台站是中国境内首家通过联合国全面禁止核试验条约组织验收的台站。

中心现内设科室45个，其中行政职能科室11个，业务所12个共26个科室，包括传染病预防控制所、免疫规划所、性病艾滋病预防控制所、职业病预防控制所等，业务中心3个共5个科室，其他科室3个。中心在职职工402人，其中高级职称人员114人（正高职称 34人）。现有博士生13人，硕士研究生140人，大学本科215人。 1人享受国务院政府特殊津贴，3人为国家卫生计生委咨询委员会专家。5人为甘肃省领军人才，7人为甘肃省卫生领军人才。 现有鼠疫防治、碘缺乏病、结核病防治、急性传染病防控与病原生物、免疫规划、艾滋病确认、食品检测与安全7个甘肃省预防医学重点学科。甘肃省传染病病原学实验室为省级重点实验室。

中心主要承担着全省传染病、地方病、职业病、慢性非传染性疾病的预防控制；突发公共卫生事件应急处理；食品卫生、学校卫生、职业卫生、放射卫生、公共场所卫生监测；健康相关产品卫生检测检验；健康教育以及疾病预防控制科学研究和疾病预防控制人员的培训工作。

中心不断传承和发扬“厚德敬业 科学预防 拼搏奉献 守卫健康”的甘肃疾控精神，经过十多年的发展，各项事业取得了突出的成绩。2011年，被中共中央组织部授予的“全国先进基层党组织”；2015年，获得中央文明委授予的“全国文明单位”称号；2016年被甘肃省委办公厅、甘肃省人民政府办公厅授予“甘肃省首届丝绸之路（敦煌）国际文化博览会工作先进集体”；2017年被人社部、国家卫生计生委、国家中医药管理局授予“全国卫生计生系统先进集体”荣誉称号。