学校全力推进学科建设,不断提升科技创新和服务能力。在浙江省属高校中首批获得国家重点学科(中医临床基础);中医学、中药学入选浙江省第二批重点建设高校优势特色学科;临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学学科领域进入ESI全球排名前1%;获浙江省“十三五”一流学科建设项目A类3个、B类6个。学校建有血液病、免疫风湿病国家中医临床研究基地,国家中医药管理局重点研究室3个、国家中医药科研实验室(三级)10个、国家中医药管理局协同创新中心1个、浙江省重点实验室10个、浙江省临床医学研究中心1个、浙江省公共科技条件平台2个、浙江省协同创新中心3个、浙江省工程研究中心6个,以及浙江省国际科技合作载体5个。获国家科技进步奖、国家技术发明奖5项,浙江省科学技术一等奖11项。主办《浙江中医药大学学报》《Clinical Complementary Medicine and Pharmacology》(简称CCMP)《浙江临床医学》3种学术期刊,CCMP入选2021年度中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊。