中国医学科学院药物研究所（以下简称“药物所”）成立于1958年8月，隶属于中国医学科学院北京协和医学院。
药物所始终以寻找和研究严重危害人民健康的重大疾病防治药物为主要方向，坚持以创新药物为重点，以天然产物为特色，应用基础研究和创新药物研发并重，推进产学研一体化进程，走出了一条有中国特色的新药创制之路。
药物所学科齐全，下设合成药物化学、天然药物化学、药理学、药物分析、生物合成、药物筛选、药物晶型、药物制剂、药物代谢、新药开发、安全评价等研究科室，具有很强的药物研发能力。近年来着重依靠平台建设，推动夯实自身实力，现建有天然药物及核药基础与新药创制全国重点实验室，国家药物及代谢产物分析研究中心、国家新药开发工程技术研究中心、“重大新药创制”科技重大专项药物创新综合性平台、科技部创新人才培养示范基地，7个省部级重点实验室，5个院校级重点实验室/中心，同时拥有6家所属企业，构建了完整的产学研用生态循环体系。
药物所重视人才培养，现有职工500余名，其中40％具有高级职称，先后拥有六名两院院士，以及130余名国家各级专家及人才称号获得者。
药物所是我国高级药学人才的培养基地。已培养硕、博毕业生2100余名。药学学科为国家教育部批准的一级重点学科，在全国第五轮学科评估药学学科评估中名列榜首（A+），进入世界“一流学科”建设行列。2022年药学再次入选第二轮“双一流”建设学科名单。
建所六十余年来，药物所已研制上市新药百余种， 获新药证书及药品注册批件132项，其中以人工麝香、高三尖杉酯碱、联苯双酯、双环醇、丁苯酞、金水宝、艾瑞昔布、丹参多酚酸、桑枝总生物碱等为代表的原创新药22项。以药物所作为第一完成单位共获得科技成果奖励200余项，其中国际及国家级奖项31项（国家科技进步一等奖3项）；持有的有效专利1400余项，获得授权的国内外专利670余项；共编写著作390余本。近年来，药物所加强基础研究，在cell等杂志上发表论文3900余篇。
药物所主办学术期刊有《药学学报》、Chinese Chemical Letters?（CCL，中国化学快报）、Journal of Asian Natural Products Research?（JANPR，亚洲天然产物研究杂志）及Acta Pharmaceutica Sinica B?（APSB，《药学学报》英文刊），三本英文期刊均为SCI收录期刊。其中APSB是我国唯一被SCI收录的药学综合性学术期刊，首个影响因子6.014，2022年影响因子为14.5。CCL 2022年影响因子为9.1。《药学学报》是青蒿素诺贝尔奖获奖关键论文的发表期刊。
在国家“十四五”的科技新征程中，药物所作为我国药物研发“国家队”中的一员，坚守初心、勇挑重担，贯彻新发展理念，践行“四个面向”，提升新药创制的综合实力，彰显服务社会的家国情怀。药物所人始终以“献身、创新、求实、协作”的精神为指引，牢记为人民谋求健康福祉的使命责任，努力为我国医药卫生事业的高质量发展贡献力量。