三明市疾病预防控制中心系2004年6月组建成立，规格为副处级，现有事业编制118名，设有12个内设科室。中心负责传染病、慢性病、地方病防控和免疫规划；开展病原微生物、毒物、污染物检测，做好食品卫生、职业卫生、放射卫生、环境卫生等监测评估，开展职业病诊断、健康教育与促进和预防医学研究等工作。现有在职人员102名，其中专业技术人员90人（高级职称32人、中级职称28人、初级职称30人），固定资产总值1523.66万元；中心总面积4408平方米，拥有业务办公用房1467平方米，实验室用房2417平方米。内部布局合理，仪器设施配套，建有国内先进的生物安全二级实验室、艾滋病确证实验室、PCR实验室和百级净化实验室。先后获得福建省资质认定计量认证、中国合格评定国家实验室（CNASL2286）认可证书。

中心成立后，致力于加快疾控人才培养，加强疾控体系能力建设，做好人才、技术储备。弘扬“以人为本，团结进取，求真务实，廉洁高效”中心精神，着力打造“培训一流的人才，配置一流的装备，掌握一流的技术，提供一流的服务”的服务品牌。先后被卫生部授予全国结核病防治先进单位；中华全国总工会授予“工人先锋号”称号；福建省第八届文明行业创建竞赛活动示范点；福建省卫生厅授予救灾防病先进集体；连续多年被市委、市政府授予“平安建设”先进单位，被三明市卫生计生委授予“市直医疗卫生单位综合考评先进单位”等荣誉称号。在防控和处置“非典”、“禽流感”、“甲型H1N1流感”、“H7N9流感”等重大公共卫生应急事件中，发挥了重要作用，为三明经济社会发展保驾护航。