江西医学高等专科学校第一附属医院前身为上饶铁路医院，始建于1949年10月，是集医疗、教学、科研、预防、保健、社区服务为一体的综合性二级甲等医院，为公立非营利性事业单位。2004年12月，医院由原南昌铁路局成建制移交江西医学院管理。2005年8月，医院随江西医学院并入南昌大学，更名为南昌大学上饶医院。2016年3月2日，医院由南昌大学成建制整体移交上饶市政府属地化管理，更名为上饶市第四人民医院，增挂上饶市眼科医院牌子。2016年10月9日医院划归江西医学高等专科学校，更名为江西医学高等专科学校第一附属医院，保留上饶市眼科医院牌子，为江西医专直属附属医院。
医院于2003年4月组建了上饶市眼科医院，上饶市眼科医院于2011年通过评审验收被江西省卫生厅批准授予三级专科医院。江西医学高等专科学校第一附属医院与上饶市眼科医院目前是两块牌子合署运营。
医院于2016年4月被江西省卫生厅验收通过成为眼科专业住院医师规范化培训基地，后又获批成为全国眼视光联盟理事单位、上饶市青少年近视防控基地。2018年，医院眼科与学校临床系共同开设了眼视光系。2018年12月8日，医院经国家自然科学基金委员会审批，成为国家自然科学基金依托单位。2020年医院成立上饶市眼科医院眼库，并成立医院眼角膜接受工作站。2021年12月医院眼科被上饶市卫健委批准授予“上饶市重点学科”、2023年10月被授予“上饶市级临床重点专科”称号，并入选上饶市领先学科。
医院现院区占地面积约1.7万平方米，建筑面积约1.68万平方米，编制床位305张，实际开放床位413张。本着“总体规划、分步实施”的原则，医院门诊综合大楼改扩建项目主体工程全部完工，已于今年4月整体搬迁投入使用，老院区实际开放床位新增168张，建筑面积增加至约4.52万平方米。同时，医院位于上饶市城东高铁新区的新院区建设项目主体工程已完成，该项目占地面积176.75亩，总建筑面积23.4万平方米，设置病床数1500张，I期按照1000床的配置标准进行建设。
截止2023年12月，医院有职工607人，其中卫生技术人员560人，高级职称100人（含校委派2人），中级职称178人。医院共有博士3人（含校委派2人）、硕士34人（含校委派3人），本科354人。
医院拥有上饶市“饶城英才领军人物（专业技术类）”4人，7人被收录《天下赣医—名医篇》，先后有1人享受国务院政府特殊津贴、1人荣获“江西省劳动模范”、4人荣获“上饶市五一劳动奖章”、1人荣获“上饶市先进工作者”称号、1人被上饶市政府授予“外科巧手奖”、1人被授予“手术大师”称号、4人被市卫健委授予“上饶好医生”称号等。2020年，医院入选江西省医学学科省市共建计划项目单位，与南昌大学第一附属医院影像科顺利推进全方位合作。2023年1月医院成功挂牌为江西省首家“一站式玻璃体腔注药实践基地”单位成员，标志着医院率先进入全国眼底疾病创新诊疗一体化管理体系。
医院内设13个职能管理部门。各专业设置齐全，设有22个临床科室及10个医技科室、3个卫生所及1个社区卫生服务站。拥有眼科、手足显微外科、骨科、泌尿外科、微创腔镜外科、健康体检中心、高压氧治疗科、内分泌科、放射科等优势专科。眼科技术在全省名列前茅，年住院手术量4200余例、门诊手术量1600余例，在江西省卫健委DRGs绩效评价中的MDCC眼疾病及功能障碍学科排名前列，手足显微外科位于全市领先水平，泌尿外科、微创腔镜技术并齐全市领先。医院放射科纳入与南昌大学第一附属医院放射诊断科的省市共建项目。
医院医疗设备先进、齐全，截至2023年12月，医疗专用设备总额约10231万元，拥有全飞秒激光角膜屈光治疗机、准分子激光角膜屈光治疗机及激光角膜手术仪、眼前节测量评估系统、眼科光学生物测量仪、眼科手术显微镜、全功能玻璃体视网膜手术系统、白内障乳化手术系统、眼科内窥镜、眼科光学生物测量仪、非接触广角眼底系统、视野分析仪、眼科激光光凝机、OCTA、眼底荧光造影仪、免散瞳超广角激光扫描检眼镜、多焦眼电生理诊断系统、眼AB超、耳鼻喉内窥镜系统、听力检测仪、1.5T光纤磁共振、螺旋CT、DR、大型高压氧舱、等离子前列腺电切系统、腹腔镜、钬激光、输尿管镜、电子胃肠镜、电子支气管镜、彩色多普勒超声诊断系统、免疫发光仪、全自动生化仪、血气分析仪等高中端医疗仪器，其中眼科设备属全市一流。为临床及时诊断、疾病治疗提供了硬件保证。
医院坚持科教兴院，近五年来立项各级科研课题82项，医务人员发表科研论文共计122篇，其中SCI论文10篇，北大核心期刊9篇，国家级期刊79篇，省级期刊24篇。十年来先后荣获上饶市科学技术奖二等奖5项，三等奖9项。
医院积极拓宽各学科的对外交流，开展医联体工作，牵头成立上饶市眼科专科联盟，并参与医联体共42家，其中与上级医院建立的医联体关系有17家，与下级单位建立的医联体关系有25家。
多年来，医院践行“接一位病人，献一份爱心”的服务宗旨，以过硬的技术、优质的服务，合理的收费、整洁的环境，赢得广大患者的青睐，得到各级卫健委和医保局的认可，成为各类医保、工伤、保险公司定点医院，并荣获江西省文明单位、群众满意医院、上饶市实施医疗服务质量管理工程工作先进单位、健康教育与卫生宣传工作先进单位、全省基本医疗保险A级定点医疗机构、上饶市无烟医院、上饶市本级公共机构节水型单位、新冠肺炎疫情防控工作先进单位、上饶市五一劳动奖状等荣誉。
展望未来，医院将秉承“厚德、仁爱、传承、创新”的院训和“团结拼搏，多谋善干，务实求精，争创一流”的医院精神，凝心聚力、砥砺前行，以“健康中国”战略为指引，全面提升医教研综合水平和整体实力，将医院打造成为集医疗、预防、教学、科研、养老、康复等功能于一体的高校直属附属现代化三级甲等综合医院。