巴中市疾病预防控制中心成立于1994年1月，前身为巴中市卫生防疫站，2002年4月更名为巴中市疾病预防控制中心，属于公益一类财政全额拨款事业单位，为“二级甲等”疾病预防控制机构，是全市疾病预防控制指导中心。
中心座落于巴中市巴州区育才街50号，占地面积4458.72平方米，建筑面积6160.67平方米，其中实验室面积2650平方米。经市委编办核定中心全额拨款事业编制51名，临时聘用人员6人，退休人员5人。在职人员中具有硕士研究生2人，本科学历32人，大专学历17人；预防医学专业16人，检验专业15人；拥有卫生专业技术人员48人，其中高级职称6人，中级职称22人，初级职称20人。
中心主要职责是完成国家、省、市下达的重大疾病预防控制的指令性任务，实施疾病预防控制规划、方案，组织开展本地疾病暴发调查处理和报告；负责辖区内预防性生物制品管理，组织、实施预防接种工作；调查突发公共卫生事件的危险因素，实施控制措施；开展常见病原微生物检验检测和常见毒物、污染物的检验鉴定；开展疾病监测和食品卫生、职业卫生、放射卫生和环境卫生等领域健康危害因素监测，管理辖区疫情及相关公共卫生信息；组织开展健康教育与健康促进；负责对下级疾病预防控制机构的业务指导、人员培训和业务考核；指导辖区内医疗卫生机构传染病防治工作；完成上级交办的其他任务。
中心内设有办公室、财务科、业务和质量控制科、传染病预防控制科（突发公共卫生事件应急办公室）、地慢病预防控制科（公共卫生均等化指导中心）、免疫规划科、卫生监测科、职业与辐射卫生科、检验科、公共卫生信息科、健康教育科和预防医学门诊部12个科室。
中心拥有7890B-7000C气相色谱/三重四级杆串联质谱仪、AB-5500型超高效液相三重四级杆质谱联用仪、350X电感耦合等离子体质谱联用仪、900T火焰原子吸收光谱仪、罗氏480实时荧光定量PCR仪、全自动微生物鉴定系统、脉冲场凝胶电泳仪等大型高精仪器设备，现有固定资产2900余万元。建有理化实验室、微生物实验室、艾滋病确证实验室、临床检验实验室等专业实验室，并通过实验室（食品检验机构）资质认定，取得了放射卫生技术服务机构资质（乙级）、职业健康检查和职业病诊断机构资质。现为四川省首批10家“食品安全风险监测示范单位”之一，全省首批8家“国家致病菌识别网网络实验室”建设单位。
经过20多年建设发展，中心已建成全市结构合理、人员素质较高、业务及检验检测能力一流的疾病预防控制机构。先后取得实验室资质认定（计量认证）资质、食品检验机构资质、四川省职业健康检查机构资质、放射诊疗建设项目职业病危害放射防护评价（乙级）资质、职业病（尘肺）诊断机构、四川省首批“食品安全风险监测示范单位”，先后获得“全国医药卫生系统先进集体”、“全国消灭脊髓灰质炎工作先进集体”、“全省计划免疫工作先进单位”、“全省防治非典工作先进集体”、“全省疾病预防控制先进集体”、“全省卫生应急工作先进集体”、“档案管理省一级单位”、“市直卫生系统先进党支部”、“市总工会先进集体”等荣誉称号。