平凉市疾病预防控制中心位于平凉市崆峒区柳湖西路558号，是2002年12月在平凉撤地设市和疾病预防控制体制改革过程中，经平地机编[2002]10号文件批准成立的、具有独立法人资格的正县级建制卫生事业单位，由原平凉地区卫生防疫站、地方病防治研究所、地方病防治办公室三个单位合并组建成立，是全市疾病预防控制业务技术指导中心，占地约10.2亩，建筑面6808.23平米。内设传染病预防控制所、免疫规划科、卫生检测检验所、公共卫生科、高危人群干预工作队、结核病防治所、地方病和寄生虫预防控制科、慢性非传染性疾病预防控制科、职业卫生与放射卫生科、突发公共卫生事件应急管理科、质量管理与控制科11个业务科（所）和办公室、财务科2个职能科室，另设有工会、共青团、妇委会3个群团组织。现有职工73人，其中专业技术人员55人，工勤人员9人，管理人员9人。专业技术人员中，高级职称22人（正高级4人，副高级18人），占40％；中级职称13人，占23.6％；初级职称人员20人，占36.4％。
中心的主要职责和任务是：完成国家、省下达的重大疾病预防控制的指令性任务，实施疾病预防控制规划、方案，组织开展本地疾病暴发调查处理和报告；负责传染病聚集性、暴发疫情及突发公共卫生事件的预警预测、应急处置，组织实施自然灾害的卫生防疫工作；负责辖区内预防性生物制品管理，组织、实施预防接种工作，调查突发公共卫生事件的危险因素，实施控制措施；开展常见病原微生物、理化检验、生活饮用水检测、寄生虫和常见毒物、污染物的检验鉴定，开展食品安全风险监测、实验室质量控制及突发公共卫生事件的应急检测；开展食源性疾病监测、职业卫生、学校卫生、放射卫生和环境卫生等领域健康危害因素监测，管理辖区疫情及相关公共卫生信息；负责全市结核病工作的规划管理、督导检查、业务培训、健康教育工作；负责艾滋病、性病和丙肝监测检测，艾滋病高危人群行为干预、艾滋病重点人群筛查工作；负责地方病和寄生虫病防治工作的规范管理、疫情调查、疫情监测、治疗随访、工作督导、技术培训工作；负责慢性病的监测调查（包括死因监测、患病监测、行为危险因素监测和专项监测等），组织落实慢性病综合防治与干预措施，开展慢性病保健与咨询服务、基层督导和技术指导；组织开展健康教育与健康促进，负责对下级疾病预防控制机构的业务指导、人员培训和业务考核；指导辖区内医疗卫生机构传染病、职业病防治及基本公共卫生项目管理工作；承担卫生行政部门委托的与卫生监督执法相关的检验检测任务。
现有电感耦合等离子体质谱仪、气相色谱质谱仪、全自动病毒载量检测系统、全自动微生物生化药敏鉴定仪等50万元以上检测设备9台，10万元以上检测设备23台。建有流感、麻疹2个国家级网络实验室，水质理化、食品理化、地方病等4个理化实验室和艾滋病确证、新冠病毒检测等6个生物安全二级实验室，承担全市生活饮用水、食品安全风险监测、环境卫生、地方病、寄生虫病以及结核病、艾滋病、新冠等重点传染病和麻疹等疫苗可防传染病为主要内容的卫生检验检测工作，是全市卫生检测检验中心和食品安全风险监测检验中心，也是兰州大学公共卫生学院和甘肃医学院的教学实习基地。先后6次被卫生部、省卫生厅授予“全国结核病防治工作先进集体”、“全省卫Ⅶ项目先进集体”等称号，市委、市政府和有关部门多次授予“四五”、“五五”、“六五”普法先进单位、市级卫生先进单位和全市先进基层党组织、“十佳先进党支部”、“市级文明单位”等荣誉称号。在国家级专业杂志上发表科研论文143篇，有29个科研项目获得市级科技进步奖，12次被评为全国、全省先进集体。
在新的历史条件下，市疾控中心将按照市委、市政府新的部署，不断加快疾控体系规范化建设，尽职尽责地为全市230万人民群众守好健康大堤，当好健康卫士，努力开创全市疾病预防控制事业的新局面。