上海瑞金医院舟山分院为舟山市医保定点医药机构。医院占地205亩（一期用地110亩），总建筑面积286897㎡（一期建筑面积111485㎡），核定床位1200张（一期800张，目前开放300张），设计门急诊量4000人次/日。
舟山分院医院实行管委会领导下的院长负责制，通过引进上海交通大学医学院附属瑞金医院先进的现代医院管理制度和服务模式，聘请瑞金医院的专家为管理、医疗团队的骨干，构建高水平的人才建设平台，配置一流的医疗技术设备，实现医疗资源的最优化。
目前，医院所有临床医技科室执行主任均由来自上海的专家担任，通过开设专家门诊、主持疑难病例讨论、开展各项介入治疗、微创等手术治疗等形式，为学科发展及人员梯队建设提供专业指导，逐步提升舟山分院的自我“造血”能力，为长三角地区百姓获得优质便捷的医疗服务提供保障。
医院目前开设了普外科（乳腺外科）、血液内科、内分泌科、神经内科、消化内科、呼吸内科、心血管内科、泌尿外科、妇科、烧伤整形美容科、放疗科、肾内科（血透）、骨科、伤科、高血压科等近30个临床科室；以及检验科、放射科、病理科、超声诊断科、功能检查室与内镜中心、介入中心等医技与公共科室。其中，泌尿外科、妇科由上海交通大学医学院附属仁济医院的优质资源协同支持。
同时，医院配有1.5T磁共振、64排螺旋CT、飞利浦彩色超声诊断仪、BK超声仪、钼靶、数字胃肠、奥林巴斯胃肠镜、电子支气管镜、电子鼻咽喉镜、十二指肠镜、电子胆道镜、史托斯腹腔镜、血管造影X射线机（DSA）、直线加速器（LA）、体外震波碎石机、钬激光仪、超声刀等先进的检查、治疗设备。为充分发挥上海优质资源，为舟山及周边地区百姓提供差异化、高品质的医疗服务，舟山分院将积极探索与上海瑞金医院建立远程医疗会诊系统、住院病人转诊绿色通道、空中救援绿色通道等创新服务模式，努力为舟山群岛新区经济社会发展和人民群众健康提供有力保障。