上海市免疫学研究所成立于1979年，隶属于上海交通大学医学院，是一所由上海市教委、上海市科委和上海交通大学医学院共同建设的从事免疫学研究的专门机构。近年来在“人才强所”战略的指引下，上海市免疫学研究所利用学科重组的有利契机，勇于机制创新，大力引进国际顶尖学科领军人才以及符合学科发展定位和研究重点领域的海外杰出研究人才，全面实施所长领导下的课题组长负责制，组建了一支包含富有创新精神和国际竞争力的研究队伍，2012年至今获得各类人才计划总数98人次，累计获得国家级人才计划25人次，地方级人才计划64人次，上海市免疫学研究所按照“创新突破”和“加强转化”的总体发展原则，以临床科学问题为导向，在学科原有的研究基础上结合国际免疫学研究的前沿领域，聚焦自身免疫疾病中的免疫调控及信号转导机制、肠道疾病的免疫调控机制和干预新策略、感染性疾病中病原-宿主相互作用机制及其防治策略、新型肿瘤标志物筛选和肿瘤免疫治疗四个方面开展原创性基础研究。所内研究团队承担多项国家和地方科研项目，自2012年来总共承担各类科研项目315项，其中国家级项目150项，项目总经费达到1.89亿元，其中国家级重点重大项目44项，项目经费约1.18亿元，合计发表SCI论文363篇，其中20分以上文章22篇，10分以上96篇。上海市免疫学研究所始终重视加强与国内外高水平大学研究机构的合作交流，积极组织学科间、地区间、国际一流高校间免疫学研究力量的相互交流，致力于将免疫所建设成为免疫学研究领域里具有开展高水平国际合作、培养国际化创新人才的重要基地。
1人才队伍建设方面
在“人才强所”战略的指引下，上海市免疫学研究所利用学科重组的有利契机，勇于机制创新，大力引进国际顶尖学科领军人才以及符合学科发展定位和研究重点领域的海外杰出研究人才，全面实施所长领导下的课题组长负责制，组建了一支富有创新精神和国际竞争力的研究队伍。目前，我所共有职工119人（高级职称52人，含正高、副高），在读研究生149人，在站博士后22人。119名职工中，行政副所长：1人，课题组长：22人，技术系列：40人，研究系列：28人，教学系列：11人，行政办公室：8人，财务办公室及财务助理：5人，杂志编辑：4人。获得各类人才计划中包含国家杰出青年科学基金2人，国家优秀青年科学基金4人，国家海外青年高层次人才计划11人，国家青年拔尖人才2人，上海海外青年高层次人才计划4人，上海市优秀学科带头人（含青年）4人，上海高校特聘教授10人，上海市浦江人才计划10人，上海市教委曙光计划2人，上海青年拔尖人才计划2人，上海市青年科技启明星7人。目前所内共有课题组长（PI）22人，分别围绕自身免疫性疾病、肠道疾病、感染性疾病和肿瘤相关疾病的免疫调节机制和免疫干预手段开展相关科学研究。自2012年起，我所特邀多位国际知名免疫学专家担任客座教授，并相继来所访问讲学、学术交流，共同主办国际学术会议，建设海外专家联合实验室，指导所内科研工作以及帮助建立针对学科人才培养、评聘的国际化评估体系，为培养我所PI成为具有国际视野和学科前沿思维的杰出科学家贡献力量。
2科学研究方面
按照“创新突破”和“加强转化”的总体发展原则，以临床科学问题为导向，在学科原有的研究基础上结合国际免疫学研究的前沿领域，聚焦自身免疫疾病中的免疫调控及信号转导机制、肠道疾病的免疫调控机制和干预新策略、感染性疾病中病原-宿主相互作用机制及其防治策略、新型肿瘤标志物筛选和肿瘤免疫治疗四个方面开展原创性基础研究。研究团队承担多项国家科技部973课题，863课题，国家自然科学基金重点项目等，承担国家重大科研任务的能力日益凸显。自2012年至今，免疫所共承担各类科研项目315项，其中国家级项目150项，项目总经费达到1.89亿元，其中国家级重点重大项目44项，项目经费约1.18亿元。合计发表SCI论文363篇，其中20分以上文章22篇，10分以上96篇。2019年，我所海外客座教授Florent Ginhoux课题组的博士后刘兆远博士以第一作者在Cell杂志上发表了围绕单核-巨噬细胞发育的科学问题的重要研究成果（Liu et al.，Fate Mapping via Ms4a3-Expression History Traces Monocyte-Derived Cells.2019，Cell 178，1509–1525）。2021年，我所苏冰教授课题组伍宁波博士、孙宏翔博士在国际上首次发现新型间质细胞亚群MRISC是肠道组织修复微环境重要组织者，并阐明了该类细胞发挥功能的信号轴ROS/MEKK2/KLF2/RSPO1，该研究成果在Nature杂志发表（MAP3K2-regulated intestinal stromal cells define a distinct stem cell niche.Nature.2021 Apr;592（7855）:606-610）。2023年我所叶菱秀团队与中科院分子细胞卓越中心孟飞龙团队在Cell期刊在线发表了题为“Mesoscale DNA Feature in Antibody-Coding Sequence Facilitates Somatic Hypermutation”的研究论文，从生化、细胞和小鼠模型三个水平全面揭示了抗体基因互补决定区（CDR）编码区偏好突变的分子基础，特别是抗体基因编码序列DNA柔性的重要生理作用，为下一代抗体基因人源化动物模型的设计奠定了理论基础。此外我所沈蕾、梁启明、李华兵、李斌研究团队的科研成果分别以论文的形式发表在免疫学领域顶尖学术期刊Nature Immunology共计四篇，近两年免疫所原创性科研工作相继在领域内知名期刊杂志Cell、Nature，Nature Immunology，Cell Metabolism，Cell Stem Cell，Science Advances，Science Translational Medicine，PNAS，JEM，JI等发表，形成了一批具有国际影响力的突破性成果，极大提升了免疫所的国际学术影响力。
3教育教学方面
免疫所一直是医学免疫学本科与研究生教学的主要承担单位，承担大量本科与研究生免疫学理论和实验课教学。近年来，不断深化教育，对本科生与研究生医学免疫学教学进行了积极的改革探索。通过实施教学导师制，帮助新引进的年轻PI和青年教师与教学导师对接建立三年培养制度，鼓励年轻PI和青年教师积极参与听课、试讲、集体备课、课内外教学及各类教学培训与教学会议。为进一步激发学生对免疫学课程的学习兴趣，还积极创造条件开设学科前沿选修课，并开展多项RBL课程、大学生创新训练项目，尽可能地为学生提供参与科研活动的机会。2019年，“机体防御与免疫整合课程”金课标准的教改实践获上海交通大学教学成果二等奖；2020年，《机体防御与免疫》课程获批首批国家级一流本科线下课程。
研究生培养方面，研究所不断推出一系列教育改革举措并逐渐形成一套完善的制度体系，包括建立研究生入学轮转、研究生导师指导委员会和硕博遴选校外专家考评、研究生进展报告等一系列制度，同时鼓励使用英文进行教学和科研交流，不断加强我所研究生的国际交流和科研能力。1981年免疫所成为国家最早的免疫学硕士和博士学位授予点，培养了（包括在读）免疫学博士研究生288人和硕士研究生236人。自2012年至2022年，共招收研究生293人，其中博士研究生165人，硕士研究生128人。毕业生中47.2％研究生去医院，20.8％研究生继续深造，15.3％研究生去公司，10.4％研究生去高校科研院所，6.3％研究生出国。目前在读研究生149人，其中硕士研究生45人，博士研究生106人。为进一步改善研究生生源质量，推进研究生教育的国际化培养，吸引更多来自国内外知名院所、立志从事基础研究的优秀学生，特别设立“余?研究生奖学金”，并于2016年联合医学院推进与以色列希伯来大学联合共建的双学位博士生培养项目，在免疫学、细胞生物学和病理生理学等研究方向上与以色列希伯来大学组建合作研究团队，开展联合培养博士生，学生毕业可分别获得上海交通大学和以色列希伯来大学双博士学位，探索建立研究生教育国际化培养的新模式，此项目已于2018年起面向全球招生，迄今已录取学生11人。
4合作交流方面
为促进免疫学研究领域的国际合作，汇聚国际一流创新人才，培养具有国际视野杰出创新能力的科学家，提升免疫所的学术地位和国际影响力，免疫所始终重视加强与国内外高水平大学研究机构的合作交流，积极组织学科间、地区间、国际一流高校间免疫学研究力量的相互交流，致力于将免疫所建设成为免疫学研究领域里具有开展高水平国际合作、培养国际化创新人才的重要基地，继续发挥免疫所在我国免疫学发展不同时期的引领作用。自2012年以来，国内外专家学者来所交流超300人次，与包括美国、法国、英国、澳大利亚等10个国家以及香港、台湾、大陆地区在内的近五十所知名院校、研究机构开展了积极深入的合作交流，并多次主办/协办国际/国内学术会议，邀请国内外顶尖专家学者来所访问并进行学术报告等。2019年3月，在苏冰所长的推动下，上海交通大学医学院与耶鲁大学医学院免疫生物学系合作，正式启动上海交通大学医学院-耶鲁大学免疫代谢研究院的建设。该研究院也是耶鲁大学在美国本土外建立的第一个实体研究院。研究院瞄准免疫代谢这一世界医学前沿领域，建立国际顶尖的研究平台，推动上海交通大学医学院免疫学及代谢相关学科领域的交叉发展，开展免疫代谢相关领域高水平的基础和转化研究，加强和各附属医院的合作开展肿瘤免疫治疗以及免疫代谢相关疾病导向的临床研究，致力于在免疫代谢研究方向成为国际顶尖的研究中心。此外，免疫所与国际顶尖科研机构法国国立马赛吕米尼免疫中心（CIML）共建的免疫调控联合中心于2019年获得法国国家科研中心批准，双方将围绕共同感兴趣的研究项目开展实质合作，加强临床研究的合作，通过学术交流，共同举办国际研讨会，联合培养研究生等形式深入合作。为深入贯彻创新驱动发展战略，落实《国际科技合作“十二五”专项规划》部署，以全球视野谋划和推动创新，有效对接和利用全球科技创新资源，加强科技开放合作。上海交通大学医学院2011年成立“上海转化医学国际联合研究中心”。2020年为加强基地实体化建设，由苏冰教授担任国际合作基地负责人，负责组建基地科研团队，围绕转化医学研究实质推进基地的国际化研究。中心重点关注免疫、感染、肿瘤、代谢等领域，聚焦黏膜免疫和疾病、肿瘤免疫微环境及干预靶点和治疗、免疫代谢及抗肿瘤免疫、线粒体及线粒体相关疾病等生物医药领域前沿研究方向。
5基地平台建设方面
医学免疫学科作为传统优势学科及特色学科，多次列入国家教育部211工程、985工程、上海市重点学科、一流学科等重点学科建设项目，围绕师资队伍，创新科教研基地以及大型公共仪器与平台等方面深化免疫学科的内涵建设，并已取得明显成效。先后获批建设上海交通大学重点实验室“免疫生物学实验室“和“免疫调控和疾病实验室”上海高校重点实验室建设计划（沪教委科〔2014〕9号）。2012年起，免疫所完善大型科学设施和仪器设备，整合优化技术资源，提升所内科技服务水平，迄今已建立囊括流式平台、显微成像平台、免疫组化平台、生物标记物研究与开发平台、测序诊断平台、基因工程小鼠实验与分析平台在内的六大公共技术平台体系，实施先进的PI负责管理制和网络预约系统，更好地支撑免疫所以及医学院相关学科的科研工作，进一步增强了研究所的公共技术服务能力和应用范围。2020年，上海交通大学医学院免疫与感染实验室（BSL-2）完成建设，并于2021年起对医学院及周边科研院所开放共享。实验室位于免疫所内，由免疫所承担相关日常管理，可为微生物培养及病原检测、重大传染病原致病机制和免疫应答及疫苗开发研究、从细胞水平上解析病原微生物的发病机理和预防控制等科学问题提供持续、有效、规范的安全操作环境。目前，ABSL-2实验室申请工作也在积极推进中，将为相关项目研究提供动物感染所需的实验环境。
2016年3月，免疫所与BD中国、国际流式细胞学会在所内签署了国内首个致力于全面推广流式细胞技术的战略合作备忘录。这一合作集结了产、学、研多方优势，涵盖了多层次的培训计划、国际认证讲师培养、科研机构认证辅导、提供专项教育基金并建立教育基地等全方位职能，将致力于推动中国流式技术发展与国际接轨。2019年7月8日，免疫所与BD（中国）、国际流式细胞学会（ISAC）在上海又续签为期三年的战略合作备忘录。2017年4月，上海市免疫学研究所—Cell Signaling Technology（CST）中国“精准医学战略合作中心”成立、签约暨揭牌仪式在我所举行。该中心“以解决临床科学问题为导向，阐明疾病机制和开发生物标志物、推广蛋白质组学技术、促进科研成果转化、培养创新型人才、促进国内外学术交流”为发展目标，我所与CST中国将借助各自的资源和优势，开展多领域、全方位的深入合作，并期待通过这样的合作能为我国精准医学的发展作出重要贡献。