嘉兴市妇幼保健院始建于1932年，前身为私立三一医院，1952年政府接收后，改名为“嘉兴产院”，随后相继更名为“嘉兴县（市）妇保院”、“嘉兴市妇幼保健院”，2004年增设“嘉兴市市立三一医院”为第二院名。
医院占地100亩，建筑总面积14.23万平方米，核定床位920张，是一所集医疗、保健、科研、教学为一体的三级甲等妇幼保健院，是温州医科大学附属嘉兴妇女儿童医院、嘉兴学院附属妇女儿童医院，为国家级住院医师规范化培训基地。
医院构建形成“强专科 精综合”的医疗发展格局，学科优势突出，专业特色明显，在省内外享有较高声誉。医院拥有孕产期保健和新生儿保健两个国家级特色专科，提供从孕前、孕期、产时、新生儿、儿童等全周期妇幼保健服务。医院产科为全省首批（浙北地区）区域专病中心，围产医学、妇科学为省市共建医学重点学科，产科学、小儿外科学为省市共建培育学科，生殖健康与不孕症专科为省级临床重点专科建设项目，拥有儿科学、乳腺病学、生殖医学、胎儿医学、妇产科护理学、中西医结合儿童康复学6个市级重点医学学科，以及2个市级重点创新团队、2个市级重点实验室。
医院重点打造妇幼保健品牌学科。产科不断做强，充分发挥临床保健相结合优势，开设全市首家“LDRP病房”，推行“群组式”管理模式。建立起母体医学、胎儿医学和普通产科三大亚专科，拥有先进围产理念和助产技术，无痛分娩率接近发达国家水平。拥有强大的产科重症医学团队，实施高危孕产妇分级管理，危重孕产妇救治能力达到较高水平。产前诊断中心成立于2001年，广泛开展产前筛查和诊断工作，全市产前筛查率省内领先。儿科不断做大，门急诊业务量在本地区名列前茅。拥有全市规模最大的新生儿救治中心，并与上海新华医院新生儿科紧密协作，年接受危重新生儿转诊600余例，抢救成功率达96％。同时，还设立全市唯一一家小儿外科重症监护室（PSICU）。妇科不断做精，建立起妇科内分泌诊疗中心、盆底疾病诊治中心、宫颈疾病诊治中心、宫腔镜诊治中心四大专业化诊疗中心，开展各类妇科良、恶性肿瘤综合治疗，并与上海红房子医院合作建立宫腔镜诊疗协作中心，妇科微创手术占比达90％。生殖医学中心成立于2000年，在全市范围内唯一获准开展辅助生殖技术，年开展新鲜周期试管婴儿近1200例，临床妊娠率达51％。
医院大力培育特色综合学科。乳腺科良、恶性肿瘤手术量均位列全市医疗机构中的第一，合作加入上海瑞金医院诊疗中心数据库，全年完成乳腺癌手术200余例，乳腺癌保乳术、乳房再造术等技术处于全市领先水平。眼视光中心为国家首批“儿童眼保健示范单位”“嘉兴市儿童青少年近视防控基地”。耳鼻咽喉科在全市率先开展婴儿鼻咽部及喉咽部肿瘤切除手术、小儿感染性先天性耳前痿管的手术治疗。口腔科形成孕产妇、婴幼儿口腔疾病特色治疗，在口腔颌面部创伤治疗、婴幼儿血管瘤治疗上有突破。内科以诊治各类妊娠合并内科疾病为重点，同时开展内分泌、心血管、消化内科等各种常见、疑难病诊治。外科以泌尿外科、微创外科为主，在妊娠合并外科疾病诊治上有特色。中医科开展中药灌肠、督脉熏蒸、小儿推拿、耳穴压豆、针灸等妇产儿中医特色诊疗。皮肤科开展孕产妇、儿童类皮肤病及医学美容护肤特色诊疗。
医院同时承担全市妇幼公共卫生指导职责，积极开展妇女、儿童保健业务，在妇女心理保健、儿童早期发展及围产营养工作上成绩显著。建设成为全省首批儿童早期发展示范基地、嘉兴市婴幼儿照护服务指导中心及实训基地。围产营养专科获国家妇幼保健专科建设贡献奖，创建为首批浙江省规范化围产营养中心。建立嘉兴市孕产妇心理保健服务体系，开展从早孕到产后的生育全程孕产期心理筛查工作，在省内首创产科病区心理查房，被授予全国首家“孕产期心理门诊实务规范化培训基地”。
医院积极融入长三角医疗一体化发展，与上海新华医院合作共建国家临床重点专科小儿外科嘉兴分部，打造长三角医疗一体化样板工程。成立贺林院士工作站，与上海多家名院建立起多个诊疗中心及专家工作室，开设“长三角名医馆”。医院积极推进医疗卫生服务领域“山海协作”项目及“最多跑一次”改革。其中，医院与丽水合作帮扶项目荣获浙江省山海协作升级版“最佳实践案例”，医院“出生一件事”工作率先实现跨省联办，推广普及电子版母子健康手册等多项工作得到政府和百姓认可。
近年来，医院秉承“健康至上、务实求精、勤奋合力、科技兴院”的精神，开拓进取，创新管理，强化内涵，重视人文，实现了高质量发展，先后被授予“全国妇幼健康服务工作先进集体”“全国百家优秀爱婴医院”“全国妇幼保健院中医药工作示范单位”“国家级母婴安全优质服务示范单位”“母婴友好医院”等荣誉称号，并连续两次在全国三级公立医院绩效考核中荣获妇产专科医院考评等级A的优异成绩，在刚刚揭晓的2021年度全国三级妇幼保健院绩效考核中，嘉兴市妇幼保健院位列全国第三，全省第一。