首都医科大学附属北京口腔医院创建于1945年，已发展成为集医疗、教学、科研、预防为一体的口腔医院、口腔医学院和口腔医学研究机构，作为市属三级甲等口腔专科医院，隶属于北京市医院管理中心。医院现分为天坛部、王府井部和西红门部三个院区，天坛部位于古老的天坛公园西南侧;王府井部位于北京市王府井中心商业区的锡拉胡同；西红门部位于京开高速辅路大兴区西红门医院内。依据北京市政府规划，医院按照“一址多点”的布局要求，天坛部拟整体搬迁至丰台区花乡地区，迁建工程项目已于2019年正式奠基开工。
70余年的发展历程中，医院遵循“严、精、勤、谨”的院训，坚持严谨的科学态度，追求精湛的医疗技术，全心全意为广大患者解除各类口腔疾病的困扰，营造舒适和谐的就医氛围，获得双十佳人民满意医院、首都文明单位标兵等称号，是北京市干部保健单位。目前医院总占地面积23000平方米，建筑面积33312平方米。共有职工1100余人。
医院设有17个临床科室和5个医技科室，诊疗椅位316台，病床编制100张，开放63张，可治疗各类口腔颌面疾病。2019年门急诊86万余人次，日均3400余人次，年收治住院患者2600余人次。首批获得口腔类别4项“国家临床重点专科”建设项目，包括口腔颌面外科、口腔修复科、牙体牙髓科、口腔正畸科。是国家医学考试中心医师资格考试实践技能考试和考官培训基地（口腔类别）。北京市口腔医疗质量控制和改进中心自2005年成立以来，我院连任主任委员单位，为规范北京地区口腔医疗机构执业行为和促进口腔医疗质量持续改进发挥了重要作用。2017年6月启动成立以我院为核心医院的口腔专科医疗联合体，积极响应京津冀协同、首都带首府等政府任务，与外省市多家医疗机构签署了医疗技术合作协议，充分发挥辐射带动作用。多位医师被各级政府选派参与援疆、博士团服务、人才京郊行等服务工作。
北京市牙病防治所挂靠我院，承担着北京市牙防网络建设重任，牵头指导北京市16个区开展为适龄儿童免费窝沟封闭预防龋齿、免费氟化泡沫预防龋齿项目，累计惠及百余万人次；同时开展哨点监测项目为北京市政府报告提供数据。带领北京市牙防工作走在全国前列。2017年牵头成立“京津冀口腔卫生保健协作中心”并任主任单位。医院是北京市口腔健康教育与促进基地，是2022年冬奥会和冬残奥会医疗保障医院，同时与“微笑列车”“嫣然天使”等基金合作开展公益项目。北京口腔医学会挂靠在我院，促进口腔医学科技的交流、普及与推广，促进口腔医学科技人才的成长与提高，对引领推动北京市口腔医学事业的发展起到了重要作用。
医院高度重视科研工作，不断拓展科研领域，形成口腔医学临床研究与基础研究相互促进，综合性研究与专题研究紧密配合的良性循环，在口腔医学研究领域取得了丰硕的成果。口腔临床医学和口腔基础医学是北京市重点学科。北京口腔医学研究所成立于1989年，设有基因治疗分子生物学、口腔微生物、口腔生物材料、组织细胞培养等多个实验室，与美国、法国、英国、日本、芬兰等国家的大学和科研机构进行了多项合作课题的研究。医院同时拥有北京市重点实验室——“全牙再生与口腔组织功能重建实验室”，北京市国际科技合作基地——“口腔组织功能重建”，首都医科大学“口腔颅颌面畸形临床诊疗与研究中心”，国家药物临床试验机构，国家干细胞临床研究备案机构。以王松灵院士、白玉兴教授、范志朋教授、刘怡教授等为代表的学科带头人，发挥引领作用，在各自的学科领域建立起整体素质、学历层次、专业水平、知识结构、年龄结构等方面均衡发展的创新团队。医院拥有院士、突出贡献专家、享受政府津贴专家、国家万人计划、国家杰出青年科学奖励基金、国家优秀青年科学奖励基金、北京市医院管理中心“使命”计划、“登峰”计划等高水平的优秀人才，承担多项国家级、省部级课题。获得过国家科技进步二等奖2项，北京市科学技术奖一等奖2项，中华医学科技奖三等奖2项。
北京口腔医院将努力加强软硬件的建设，紧抓迁建契机，秉承创新、协调、绿色、开放、智慧的发展理念，力争实现建设国际一流专科医院的目标，成为北京市“口腔疑难疾病诊疗中心”、“重大新技术应用中心”、“高水平的科研创新中心”和“高层次的人才培养中心”。医院也将努力促进北京市口腔医疗服务公平可及，整体提升医院综合实力与服务能力。口腔医学院将在学校的指导下进一步深化教育教学改革，加强专业内涵建设，培养更加优秀的口腔医学人才，为祖国的口腔医学事业贡献力量！