北京大学公共卫生学院始建于1931年，其前身为国立北平大学医学院卫生学教研室。1952年，全国高校院系调整，北京大学医学院脱离北京大学独立建院，1956年更名为北京医学院公共卫生学系。1985年6月更名为北京医科大学公共卫生学院。2000年北京医科大学与北京大学合并，组建新的北京大学，北京医科大学更名为北京大学医学部，公共卫生学院为北京大学医学部的一部分。经过80多年的发展，从当初的不足10人，发展到今天拥有180多名教职工，学科门类齐全，在校各类学生近千人的在国内最具实力的公共卫生学院之一。学院培养出的本科生、研究生遍布国内外，大多数成为预防医学、公共卫生、卫生事业管理及医学教育等领域的中坚和骨干。
北京大学公共卫生学院设有十个系、两个研究所、一个研究中心、一个研究院共十四个实体，即流行病与卫生统计学系、劳动卫生与环境卫生学系、营养与食品卫生学系、妇幼卫生学系、毒理学系、卫生政策与管理系、社会医学与健康教育系、全球卫生学系、卫生检验学系、生物统计系、北京大学儿童青少年卫生研究所、北京大学生育健康研究所、北京大学中国卫生发展研究中心、北京大学首都卫生与健康发展研究院。现有国家重点学科1个（流行病与卫生统计学），国家重点培育学科暨北京市重点学科1个（儿少卫生与妇幼保健学），省部级重点实验室4个（国家卫生健康委生育健康重点实验室、国家中医药管理局中药配伍解毒重点研究室、北京市食品安全毒理学研究与评价重点实验室、教育部重大疾病流行病学重点实验室）。学院有循证医学中心、艾滋病预防研究中心、营养与保健食品评价中心、预防医学实验教学中心、北京大学卫生应急管理中心、老年健康服务研究中心、药品上市后安全性研究中心等多个联合研究中心。截至2024年3月31日，我院有各类人员259人，在编教职工189人，全职博导98人（学科112）。其中，正高（教师）52人，副高（教师）72人，讲师、助理研究员（教师）23人，教辅27人，行政管理人员15人，在站博士后40人，非事业编制人员30人。在校本科生417人，学术学位硕士生197人，专业学生硕士生191人，统招博士342人，合计各类在校学生1147人。
公共卫生学院现设有预防医学本科专业，2001年起经国家教育部批准，试办预防医学专业长学制教育，学制七年，第六年起进入二级学科培养，毕业后授予硕士学位。学院有流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学、全球卫生学、社会医学与卫生事业管理七个二级学科专业培养硕士和博士研究生。学院有公共卫生和预防医学博士后科研流动站，可以接受各个学科毕业博士生进站从事科研工作。2003年开始招收公共卫生硕士（MPH）。2009年面向应届本科毕业生招收全日制公共卫生专业学位硕士研究生，作为教育部研究生专业学位教育综合改革试点单位之一，实践与探索全日制MPH培养模式。2015年作为教育部批准的深化专业学位研究生教育综合改革首批试点单位之一，学院积极探索开展了公共卫生博士专业学位（DrPH）的人才培养。公共卫生博士专业学位培养旨在将公共卫生领域的博士研究生培养成为公共卫生政策制定、公共卫生实践、公共卫生科学研究，以及从事公共卫生教学的高级专门人才。为加强实践教学，学院在北京、青岛、深圳等国内多地建立了27个预防医学专业实践教学基地，在非洲马拉维和亚洲缅甸建立2个国外教学科研基地，已经连续15年圆满完成长学制学生在基地的专业实践培训。
近年来，公共卫生学院承担科技部重大研发专项、国家自然科学基金、部委基金和国际合作等科研项目200余项。获各类科研成果奖50多项。其科学研究和教育水平在国内公共卫生领域处于领先地位。公共卫生学院在教学和科研方面与世界卫生组织（WHO）、联合国儿童基金会（UNICEF）、美国疾病控制中心（CDC）、美国中华医学基金会（CMB）等国际组织保持良好合作关系，并与美国哈佛大学、耶鲁大学、约翰·霍普金斯大学、杜克大学、北卡大学、密西根大学，英国热带病学院，澳大利亚悉尼大学、拉筹伯大学、格里非斯大学，新西兰奥克兰大学，韩国汉城大学、延世大学，日本东京大学、大阪大学，香港中文大学等境外大学建立了良好的交流和合作关系。