昆明市第三人民医院成立于1954年，前身为“昆明市传染病医院”，1986年更名为昆明市第三人民医院，2003年与“昆明市结核病防治院”合并，成为西南地区规模最大的传染病专科医院，2016年3月通过“三级甲等传染病专科医院”评审，是“云南省传染病临床医学中心”和“昆明市传染性疾病医疗质量控制中心”，2023年3月正式授牌成为国家感染性疾病临床医学研究中心云南省分中心，是昆明市政府举办的以传染性疾病诊治为重点，集医疗、教学、科研、社区卫生服务为一体的大型综合性传染病专科医院。医院是大理大学第六附属医院、昆明医科大学临床教学医院。
医院有4个专家工作站和1个名医工作室：首都医科大学附属北京佑安医院郑加生专家工作站（肿瘤微创介入）、中国药科大学孔令义专家工作站（天然药物化学）、首都医科大学附属北京地坛医院成军专家工作站（肝病）、重庆医科大学附属第一医院郭述良专家工作站（呼吸）、卢洪洲教授（团队）名医工作室（艾滋病）。
医院有省级重点专科4个（感染性疾病科、传染科、传染病重症医学科、老年病科）和培育项目1个（结核病科），市级重点专科5个（肝病科、结核病科、艾滋病科、传染病重症医学科、关怀科），设有3个昆明市市级研究中心（昆明市感染性疾病研究中心、昆明市肝病研究中心、昆明市结核病临床研究中心）、1个昆明市重点实验室（昆明市结核病重点实验室）、30个市级诊疗技术中心和3个区级科技创新团队，是中华护理学会传染病专科护士京外培训基地、云南省医学会结核病学分会主委单位、云南省药学会传染性疾病药学专业委员会主委单位、昆明市引进国外智力成果示范单位、昆明市“突发公共事件传染病医疗救治中心”。
医院分为吴井、长坡两个院区，编制床位1200张。2023年职工总数1341，卫计人员1176，其中高级职称198人、硕导29人、博士6人、硕士154人；省科技厅中青年学术和技术带头人后备人才1人；云南省卫健委医学医学领军人才2名、云南省卫健委医学医学学科带头人1人；云南省卫健委医学学科后备人才1人，昆明市科技局学术技术带头人7人，后备人才2人，昆明市春城人才计划“春城名医”10人，青年拔尖人才3人，昆明市突出贡献专家2人，官渡区科技局学科带头人5人；昆明市卫健委“十百千”工程培养对象98人：其中“十”工程培养对象1人；“百”工程培养对象18人；“千”工程市级知名专家6人；学科带头人培养对象11人；后备人选79人。
设有中西医结合结核病科、耐药与重症结核病科、综合结核病科、介入结核科、结核病临床检验中心、肝病综合科、肝病介入科、肝病免疫科、肝病消化科、性病与艾滋病科、感染性疾病及儿童传染科、重症医学科、关怀科、肿瘤科、骨科、普外科、胸外科、妇产科、麻醉科、呼吸与危重症医学科、心内科、内分泌科、综合内科、血液净化中心、介入导管室、预防保健与慢病管理中心、体检中心、检验科、医学影像科、超声功能科、药学部、公共实验室、营养科等临床及医技辅助科室。
致力于建设国内一流的综合性传染病医院，为群众提供方便周到的人性化服务。医院业务范围辐射全省、周边省份和东南亚国家，近年来与美国斯坦福大学、瑞典隆德大学及泰国宋卡王子大学、越南国立肺科医院、柬埔寨马德望省立医院、印度尼西亚廖亚大学、缅甸卫生部国家结核项目办、老挝友谊医院等东南亚一带一路国家的专业机构开展了广泛的学术和技术交流，连续主办了七届东南亚感染性疾病新进展国际研讨会，随着专业细分及学科交叉的不断深入，逐步形成了“精专科、强综合”的格局。
2017年以来医院陆续加入了“北京结核病诊疗技术创新联盟”、“国家肿瘤微创治疗产业技术创新战略联盟”和“北京亚太肝病诊疗技术联盟”，在京昆医疗协作联盟的支持下成立了亚太肝病诊疗技术联盟云南省联盟、成为全国结核病医院联盟和北京结核病诊疗技术创新联盟医院，是西南结核病医院联盟的副主委单位，是全国首批上线的结核病互联网医院，是全国传染病医院管理创新学组的委员单位，2021年加入了国家传染性疾病临床研究中心分中心和重庆医师协会肺结节与早期肺癌诊治管理中心分中心。
结核病临床研究中心在耐多药结核的诊治、中西医结合肺内外结核的治疗、肺结核及结核并发症的介入治疗、骨关节结核的外科治疗等方面达到国内先进水平，2021年成为云南省胸外科ERAS示范病房，可实现全年龄跨度、全身结核的一站式综合优质诊疗服务。肝病临床研究中心在感染性肝病如乙肝、丙肝、戊肝等和非感染性肝病如自免肝、脂肪肝、药物肝损伤等诊疗方面处于省内领先水平，在“成军专家工作站”的指导下积极开展脂肪肝的研究及全程管理工作，具备丰富的人工肝治疗经验，开展了肝硬化及上消化道出血的内镜治疗，在“郑加生专家工作站”的指导下开展了肝癌与肺癌的微创介入消融手术，具备开展肝癌的肝动脉灌注栓塞、肝血管瘤灌注栓塞、经颈静脉肝内门体分流术、下腔静脉滤器植入等介入手术的能力。医院建立了HIV初筛和确证实验室，具备开展暴露前后预防、抗病毒治疗、机会性感染治疗、母婴阻断、HIV外科手术等完善的艾滋病诊疗体系。感染性疾病科对发热感染性疾病、中枢神经系统感染性疾病及虫媒传播疾病的诊疗水平省内领先。重症医学科对重症肺炎、休克、多器官功能衰竭、呼吸衰竭、肾功能衰竭、药物毒物中毒以及重症艾滋病、重症结核、急慢性肝衰竭、破伤风、脑炎等感染性危重症有丰富的救治经验。心内科/内分泌科建立了智慧化高血压诊疗中心，设立糖尿病专科护理小组，具备完善的糖尿病全程管理机制，可开展冠脉介入、心脏起搏、主动脉瘤腔内隔绝术等介入治疗。呼吸与危重症医学科在“郭述良专家工作站”的指导下，电磁导航支气管镜、超声支气管镜针吸活检术（EBUS-TBNA）、呼吸ROSE快速诊断等介入新技术的应用提升了肺部结节鉴别诊断与精准施治的一体化诊疗能力。骨科在省内率先引入了SuperPATH微创人工髋关节置换术，完成国内首例掌指关节结核定制化3D打印人工关节置换术，开展创伤骨折、骨肿瘤、骨与脊柱关节结核手术，腹部外科开展腹腔镜术、肝叶切除术以及其他腹部结核手术，胸外科开展肺肿瘤、各种结核病灶清除和肺叶切除等手术。妇产科是昆明市三病（艾滋、梅毒、乙肝）母婴阻断诊疗中心，致力于为产科感染性疾病患者提供优质医疗服务，从孕前检查评估、孕期产检管理监测到分娩时处理、产后随访，全程为乙肝、梅毒、艾滋病孕产妇提供专业、规范、权威的服务，多年来在我院规范治疗及管理的艾滋病、梅毒孕产妇所生新生儿无一例感染。医院血液净化中心是“全国人工肝及血液净化技术示范中心”，分室分机，对各种感染性疾病患者及普通患者按感染途径进行分区专人专机治疗，确保患者到我院治疗的安全。为终末期病人提供安宁疗护服务的关怀科在国内享有较高知名度，是云南省最早实施安宁疗护的三甲医院，是“昆明市安宁疗护技术中心”，2019年6月与瑞典隆德大学签署协议合作共建“中瑞安宁疗护中心”，制定出台了昆明市安宁疗护实施规范，填补了云南省安宁疗护服务标准的空白，2017年成为昆明市第一批“医养结合”试点医院，2021年成为云南省老年友善医疗机构，努力实现老年人治疗期住院、康复期护理、稳定期生活照料及临终关怀一体化的健康和养老服务，2022年10月在官渡区民政局完成了养老机构备案，改造养老床位30张，配备医疗服务设施，为入住老人开展医疗和护理服务、生活照护和社会服务，同时依托“官渡照护”为医院周边小区有居家养老服务需求且行动不便的高龄或失能、慢性病、终末期等老年人开展上门居家养老服务。医院检验科在病毒性肝炎、结核、艾滋病及其他传染病的临床检测方面处于省内领先水平。体检中心是昆明市慢性传染性疾病筛查管理中心、昆明市新发传染病救治体系建设中心，是全市唯一具有传染病筛查管理资质的专业医疗机构。
以云南省传染病临床医学中心为平台，牵头建立了云南省感染性疾病专科联盟，目前已签约专科联盟56家，并在全省建立了“高建鹏专家团队工作站（嵩明、东川/肝病）”、“李明武专家工作站（祥云、禄丰、蒙自、泸西、宁蒗/结核）”、“刘俊专家工作站（宁蒗、蒙自/艾滋病）”和“陆霓虹专家团队工作站（罗平、元江、新平、通海、广南/呼吸介入）”，促进优质医疗资源的下沉及同质化服务的提供，响应国家“一带一路”倡议，不断扩大与省内外及东南亚国家传染病专业机构间的协作范围，积极搭建东南亚感染性疾病联盟的平台，通过医疗合作、学术交流、项目、科研等方式带动区域内传染病防治水平的共同提升。
近5年来医院在科研创新方面成果显著：获得国家自然科学基金立项1项，云南省部级立项25项，厅级项目立项19项，昆明市科技局立项100项，昆明市卫健委课题61项，国家级引智项目1项、省级引智项目3项、市级引智项目9项，区级项目7项；获云南省科技进步一等奖1项、二等奖1项、三等奖4项，云南省卫生科技成果二等奖1项、三等奖11项，昆明市科技进步二等奖2项、三等奖1项，官渡区科技进步二等奖1项，三等奖1项。
医院承担着昆明地区的传染病临床诊疗、预防控制、应急救治、技术指导、人员培训等工作，是昆明市及云南省传染病疫情防控的重要力量，为保障昆明市乃至云南省人民群众的身体健康、维护社会稳定做出了积极贡献。尤其是2020年新冠肺炎疫情爆发后，作为昆明市的定点收治医院立即启动疫情防控应急救治体系，980名医务人员投入防控第一线，鏖战40天，排查发热患者2575例、隔离疑似病例和医学观察502例、救治确诊和无症状感染者39例，取得治愈率100％、危重病例抢救成功率100％、确诊患者零死亡、零漏诊、医务人员零感染的阶段性胜利。2020年 9月到2022年10月常态化疫情防控期间，医院严守院感防控底线，不断提高医疗救治科学化、精细化、规范化、同质化水平，提升新冠肺炎救治能力和救治效果，以严谨的态度和严格的标准圆满完成近600例输入病例和本土病例的医疗救治和院感防控工作，仍然保持了确诊病例零死亡、医务人员零感染的成绩。2022年11月11日，国务院联防联控机制综合组发布了进一步优化新冠肺炎疫情防控工作的“二十条”措施，疫情防控工作的重点开始了转向和转段。11月13日，市三院紧急改造长坡院区，一周内扩建出新冠患者总床位500张，11月15日至21日共收治487名阳性患者。11月22日，位于昆明市滇中新区智能终端产业园内的昆明方舱医院启用，作为托管机构，市三院在前期做好布局、流程、架构、物资储备、网络调试、人员培训、实地演练等准备的基础上，以高度的责任感举全院之力在接到任务后只用了一天的时间就完成了最后的开舱准备，从11月22日开舱至12月15日闭舱，方舱医院投入的医护人员、管理人员、警力、保洁、保安等人力达到1060余人，共收治新冠患者6300余名。2022年12月7日，“新十条”落地实施，疫情防控重点明确从“防感染”到“保健康、防重症”转变，面对新形势新任务，院党委和领导班子及时研判、加强调度、统筹规划、攻坚克难、集中优势力量，全力保障群众就医需求，整合各病区床位，打通发热门诊、急诊、五个感染科、呼吸与危重症医学科包括RICU、心内科包括CCU、老年科、妇产科、外科、血液净化、ICU的收治环节，两院区用于收治新冠患者的病床占全院床位总量的85％，收治新冠重症患者1815名，在做好新冠患者救治的同时，结核、肝病、艾滋病、妇产科等病区依然做到了“应收尽收”，确保了普通患者的诊治需求，展现了作为定点收治医院的责任与担当。
2003年被卫生部、人事部、国家中医药管理局表彰为“全国卫生系统抗击非典先进集体”；2005-2007年度、2008-2010年度及2011-2015年度三次获得“云南省防治艾滋病人民战争先进集体”荣誉；2009年、2012年、2015年连续三次被授予“云南省文明单位”称号；2012年、2013年被评为昆明市“平安建设先进单位”，多次获得市卫生系统“先进集体”、“实绩突出班子”等表彰；2017年艾滋病科获得国家卫计委授予的“全国卫生计生系统先进集体”称号、“全国优质护理服务表现突出病房”称号及云南省卫计委授予的“云南省卫生计生系统先进集体”称号；2019年在“健康春城?最美医者”评选活动中同时获得“五一劳动奖章”和“工人先锋号”光荣称号；2020年白劲松副院长获全国抗击新冠肺炎疫情先进个人表彰，医院荣获云南省抗击新冠肺炎疫情先进集体称号，重症医学科主任夏加伟、感染性疾病及儿童传染科主任黄瑛荣获云南省抗击新冠肺炎疫情先进个人表彰，感染性疾病科杨雪梅护士长获中华护理学会授予的“杰出护理工作者”荣誉证书及奖章，感染性疾病及儿童传染科获得全国妇联、国家卫生健康委、中央军委政治工作部共同授予的一线女医务人员集体抗击新冠肺炎疫情全国三八红旗集体称号，医院党委荣获“云南省先进基层党组织”称号，感染性疾病及儿童传染科主任黄瑛荣获“云南省优秀共产党员”称号。2021年长坡检验科王霖主任获得中共云南省委授予的 “云南省优秀共产党员”称号、中共昆明市第三人民医院传染支部委员会荣获 “云南省先进基层党组织”称号，结核病临床研究中心获昆明市“健康春城?最美医者团队”称号。2022年隔离病区主任姜建杰和隔离病区团队获昆明市“健康春城?最美医者”称号。