首都医科大学建校于1960年，是北京市重点高等院校，是北京市政府、国家卫生健康委员会、教育部共建院校。已故著名泌尿外科专家、两院院士、全国人大常委会副委员长吴阶平教授为首任校长。现任党委书记为呼文亮研究员，校长为我国著名分子神经生物学家饶毅教授。
学校校本部设有11个学院、1个研究中心，包括基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、生物医学工程学院、中医药学院、医学人文学院、全科医学与继续教育学院、马克思主义学院、国际学院、燕京医学院，脑重大疾病研究中心。学校现有22所临床医学院（其中20所为附属医院），包括首都医科大学宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院（第二临床医学院）、附属北京朝阳医院（第三临床医学院）、附属北京同仁医院（第四临床医学院）、附属北京天坛医院（第五临床医学院）、附属北京安贞医院（第六临床医学院）、附属北京积水潭医院（第七临床医学院）、附属复兴医院（第八临床医学院）、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京胸科医院（第十临床医学院）、首都医科大学三博脑科医院（第十一临床医学院）、附属北京地坛医院（第十二临床医学院）、附属北京儿童医院（儿科医学院）、附属北京口腔医院（口腔医学院）、附属北京安定医院（精神卫生学院）、附属北京妇产医院（妇产医学院）、附属北京中医医院（中医药临床医学院）、附属北京世纪坛医院（肿瘤医学院）、附属北京康复医院（北京康复医学院）、附属北京潞河医院（潞河临床医学院）、中国康复研究中心（康复医学院）、中日友好医院（中日友好临床医学院），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。学校还设有39个临床专科学院、专科学系，39个临床诊疗与研究中心。
学校现有全日制在校生15187人，其中研究生6699人，本科生6945人，高专高职生884人，留学生659人；成教生2500人。学校和附属医院现有教师6651人，其中有院士5人；教授1020人，副教授1627人；博士生导师1115人，硕士生导师1511人。
学校现有8个国家重点学科，2个国家重点（培育）学科；60个国家临床重点专科（含中医）；14个国家中医药管理局重点（培育）学科；4个北京市一级重点学科，6个北京市二级重点学科，1个北京市重点交叉学科，1个北京地区高等学校学科群。学校临床医学、神经科学与行为学、药理学与毒理学、免疫学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、社会科学总论、精神病学与心理学、微生物学、化学、材料科学、环境与生态学12个学科进入ESI学科全球前1％排名，其中，临床医学、药理学与毒理学进入ESI学科前1‰，神经科学与行为学、免疫学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学进入全球前5‰。
有8个一级学科博士学位授权点和13个一级学科硕士学位授权点；按照三级学科统计，有59个博士学位授权点和77个硕士学位授权点；具有所有医学及医学相关学科的硕士、博士专业学位授予权。有9个博士后科研流动站。学校设置的长学制专业有临床医学、儿科学和口腔医学；本科专业有临床医学、基础医学、口腔医学、儿科学、预防医学、精神医学、药学、临床药学、中医学、中药学、护理学、生物医学工程、假肢矫形工程、康复治疗学、康复物理治疗、康复作业治疗、听力与言语康复学、公共事业管理（卫生管理）、法学（卫生法学）、医学实验技术、医学检验技术、医学影像技术、信息管理与信息系统（卫生信息管理）、眼视光医学、卫生检验与检疫、助产学26个；高职高专教育设有临床医学等13个专业。学校培养医学与医学相关学科的学术型和应用型人才，形成了全方位、多层次、创新型人才培养模式。
学校目前有教育部、国家卫生健康委员会“卓越医生教育培养计划”试点项目6个；7个国家级和10个市级特色专业；4个北京市重点建设一流专业、13个国家级和11个市级一流本科专业建设点；7门国家级和18门市级精品课程、5门国家级精品资源共享课程、1门国家级精品视频公开课、8门国家级一流本科课程和17门北京高校优质本科课程；2门国家级课程思政示范课程，8门北京市高校课程思政示范课程。3个国家级和6个市级实验教学示范中心，3个国家级人才培养模式创新实验区和1个市级人才培养模式创新试验区、1个国家级大学生校外实践教育基地、5个北京市级校外人才培养基地和1个素质教育基地。7个国家级优秀教学团队、2个黄大年式教师团队，2个教育部课程思政示范课教学团队，11个市级优秀教学团队、3个北京高校优秀本科育人团队、8个北京市高校课程思政示范课团队。1名国家级教学名师、31名市级教学名师、4名青年教学名师、3名“高创计划”教学名师。学校共获得教育教学成果奖国家级特等奖1项、二等奖8项、优秀奖1项，市级特等奖2项、一等奖25项、二等奖40项、优秀奖1项。学校2014年高水平通过了教育部临床医学专业认证，2018年在教育部本科教学工作审核评估中获得专家组充分肯定。
学校有5个国家医学中心、6个国家临床医学研究中心；2个省部共建协同创新中心，2个北京高精尖创新中心；1个省部共建国家重点实验室培育基地、5个教育部重点实验室、1个工信部实验室、1个国家药监局实验室、3个北京实验室、54个北京市重点实验室；1个国家工程研究中心、1个国家工程技术研究中心、4个教育部工程研究中心、10个北京市工程技术研究中心；有3个教育部创新团队，3个科技部重点领域优秀创新团队。在拥有一批国家级和市级重点学科和重点实验室的同时，学校建有高水平的国家级、市级研究和培训机构，如国家生命科学与技术人才培养基地、原卫生部全科医学培训中心、北京市全科医学培训中心、首都医科大学国家医疗保障研究院、首都医科大学健康医疗大数据国家研究院、首都卫生管理与政策研究基地等。近5年来，学校承担了国家重点研发计划、国家科技重大专项、国家自然科学基金、国家社会科学基金、北京市科委以及北京市自然基金等科研项目3227项（其中国家级科研项目1976项），累计科研经费32.27亿元。获得各类各级奖励152项，其中国家科技进步奖10项（含合报）、北京市科技奖33项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖10项、中华医学科技奖30项、吴阶平系列医学药学奖4项、茅以升北京青年科技奖3项、吴阶平-保罗·杨森奖4项、何梁何利科技奖4项、中源协和生命医学奖3项、华夏医学科技奖49项；哲学社会科学优秀成果奖1项、北京市优秀调查成果奖1项。获得专利授权5511项。
学校建有图书馆、档案馆、校史馆、中心实验室、信息中心、实验动物部、学报编辑部、校医院等公共服务平台。
学校先后与美国、加拿大、澳大利亚、英国、瑞典、挪威、香港、台湾等20个国家和地区的50多所高校和相关单位签订了友好交流合作协议。先后接待50多个国家和地区的专家学者和学生数百人来校进行学术交流访问。学校获批首批北京市“一带一路”国家人才培养基地，是国家留学基金委创新型国际人才培养项目院校。留学生涵盖了本科、硕士、博士研究生及进修生。除交流访问外，学校还通过线上线下多种渠道，选派师生参加有关学习项目和学术会议。
学校始终坚持社会主义办学方向，全面贯彻党的教育方针，坚持以立德树人为根本，秉承“扶伤济世、敬德修业”的校训，遵循医学教育规律，牢记社会责任，把为健康中国健康北京建设、京津冀协同发展战略实施、首都“四个中心”功能建设做贡献为己任，努力办人民满意的医科大学，培养人民满意的健康守护人，做出能更好服务人民对健康美好需求的科研成果。站在新的历史起点上，全体首医人将贯彻新发展理念，聚焦高质量发展，进一步求真务实、凝心聚力、积极进取、追求卓越，全面提升学校核心竞争力，努力将学校建设成为国际一流的研究型医科大学。