福建省医学科学研究院成立于1980年，为省属公益性科研机构，行政隶属省卫生健康委，经费由省财政核拨。

核定编制70名，现有职工62人（在职54人，临聘8人），高级专业技术职称18人，博士研究生导师1人，硕士研究生导师1人，研究生学历19人（其中博士研究生6人）。设有免疫研究所、药物研究所、医学情报研究所、《福建医药杂志》编辑部、门诊部、实验动物中心、转化医学研究中心。主要从事医学科学基础和应用基础研究、药物应用基础研究、新药和生物医学工程研发、医药科研项目外包服务、精准医学诊疗服务、医药卫生查新、查重咨询服务和《福建医药杂志》编辑出版等工作。

拥有临床医学实验研究中心、卫生部（国家卫健委）医药卫生科技项目查新点、国家中医药管理局批准的中药制剂和中药药理国家中医药科研二级实验室、福建省科技厅批准的福建省医学测试重点实验室、卫生部临床检验中心验收合格的PCR实验室、福建省动物实验管理中心通过的SPF级实验室、福建省新药药理研究基地、福建省明正司法鉴定所、福建省药物研究与开发中心等一批科研平台。

拥有建筑面积为8407.5平方米的科研大楼和较完善的科研设施。现有固定资产约3264万元，其中仪器设备726台套，总值约2153万元，包括：分选式流式细胞仪、高分辨液质联用仪、动物荧光发光三维活体成像系统、激光扫描共聚焦显微镜、光遗传操控检测系统、显微切割系统、全自动遗传分析仪、高效毛细管电泳仪、M6型原子吸收光谱仪、半制备高效液相色谱仪、实时定量焦磷酸测序仪以及二代测序仪等仪器。


对外开展的技术服务项目100余项，包括：查新与查重咨询、亲子鉴定、HLA配型、基因筛查、免疫检测、仪器分析测试服务、临床特殊生化检测、中草药有效成分提取、药物定性定量分析服务、新药的质量标准及稳定性试验、动物实验技术服务等。