重庆市公共卫生医疗救治中心于2008年由创建于1943年的原重庆市胸科医院和1945年的原重庆市传染病医院合并成立，是重庆市唯一的国家三级甲等传染病专科医院，重庆市传染病诊断及治疗权威机构，重庆市结核病、耐多药结核病、艾滋病治疗定点医院，同时也是重庆市结核病、艾滋病、呼吸道传染病医疗质量控制中心，中国肝炎研究中心临床基地，以及西南大学附属公卫医院、陆军军医大学教学医院、遵义医科大学教学基地/研究生实践基地。
中心总占地面积680余亩，编制床位共3550张（含临时应急床位2250张）。目前有在职职工1100余人，其中中、高级职称530人，研究生学历161人，重庆英才创新领军人才1名、享受国务院政府特殊津贴1名、重庆市首席专家工作室领衔专家1名、重庆市中青年医学高端人才4名、“西部之光”访问学者1名。
中心主要拥有联影320排640层CT、GE64排128层CT、GE3.0TMRI、联影1.5TMRI、DSA（“X线数字减影血管造影系统”）、全自动GeneXpert分子诊断系统、BD960全自动分枝杆菌快速培养监测系统、罗氏全自动核酸提取及荧光定量PCR仪、全数字彩色多普勒超声诊断系统、TwinStream高频喷射呼吸机、胸阻抗断层成像仪、ECMO（“体外膜肺氧合机”）、ND-YAG激光治疗仪、3D腹腔镜、超高清电子支气管镜、E-BUS（“超声电子支气管镜”）、超高清电子胃肠镜、高清电子胸腔镜、消化氩气刀、双能X线骨密度仪等一批先进医疗设备。
中心集医、教、研、防为一体，是国家药物临床试验机构、国家感染性疾病临床医学研究中心分中心、国家中医药管理局“中医药防治传染病重点研究室”（临床基地）、中华传染病医院管理协会副理事长单位、重庆市感染疾病临床医学研究中心、重庆市中医药治疗艾滋病临床中心、重庆市疾病预防控制与公共卫生研究中心、重庆市艾滋病专病医学研究中心、重庆市疾控机构公共卫生医师规范化培训基地；建有国家临床重点专科（传染科）、重庆市重点学科（传染病学、中医传染病学），重庆市临床重点专科（感染科、呼吸科（结核）、影像科），重庆市公共卫生重点专科（学科）（传染病防治）；设有国家级博士后科研工作站、重庆市中青年医学高端人才工作室、生物样本库等。
先后主持并参与“十一五”“十二五”“十三五”国家科技重大专项、国家自然科学基金项目及市科技局、市卫生健康委等各类立项科研项目100余项。“十三五”至今，中心累计获批科研经费约4700万元。发表学术论文980余篇，其中SCI170余篇。与首都医科大学附属北京地坛医院、北京佑安医院、北京胸科医院，复旦大学附属华山医院，深圳市第三人民医院，陆军军医大学第一附属医院等科研院所及医疗机构建立了长期友好合作关系。
中心已形成歌乐山院区、平顶山院区和南彭院区“三区一体”新格局。歌乐山院区毗邻空气清新、风景秀美的歌乐山森林公园，主要承担传染病医疗救治任务和公共卫生传染病应急工作，在结核病和艾滋病的诊断治疗上力量雄厚，拥有一批全国知名专家，可快速确诊、有效治疗结核病和艾滋病等传染性疾病，并开设相关临床科学研究；平顶山院区交通便利，邻接小龙坎平顶山森林公园，主要承担综合性医疗救治任务，并作为传染病急危重症救治的重要支撑；南彭院区建成后将进一步完善重庆市公共卫生医疗救治体系，主要应对当前及今后可能发生的重大突发传染病公共卫生事件。
中心曾在历次传染病重大疫情医疗救治等工作中取得优异成绩，得到政府及社会各界的充分肯定和患者的一致好评，尤其是在2003年抗击“非典”和2020年以来新冠病毒感染医疗救治工作中表现突出，分别获得“全国卫生系统抗击非典先进集体”“全国先进基层党组织”“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”“重庆市五一劳动奖状”等殊荣。
中心正以“人才建院、依法治院、科技强院、文化兴院”的治院方针，向着以传染病为特色，集临床、科研、教学为一体的重庆权威、西南前列、全国一流、影响全球的省级感染病救治中心目标前进。