九江市第三人民医院，由原市三医院（创建于1972年）和原市传染病医院（创建于1954年）于1995年合并组建而成，1997年九江市肿瘤防治中心成立并挂靠医院，2002年经市政府批准挂牌成立九江市肿瘤医院，2003年非典后，政府在濂溪区威家镇投资新建突发公共卫生事件应急救治医院——九江市第三人民医院马祖山分院，2021年增名南昌医学院附属九江医院，2022年增挂九江市癌症中心，2023年挂牌武汉大学中南医院技术协作医院，经过几代人的不懈努力和励精图治，医院现已建设成为以肿瘤诊疗、肝病诊疗、结核病诊疗和急性传染病诊疗为专科特色，其他综合学科迅速发展的三级甲等医院。
医院占地面积3.18万平方米，建筑面积5.02万平方米。设有24个病区，临床、医技科室66个，编制床位930张，实际开放床位1080张。现有职工962人，其中博士3名、硕士65名，九江市“双百·双千”人才3名，国家自然科学基金项目评审专家1人，九江市知名中青年医学专家3人，硕士生导师2人。院士工作站1个（陈芬儿院士九江药学工作站），九江市重点建设实验室1个（艾滋病创新药物研究），九江市名医工作室2个（肿瘤学、肝病学），是九江市肿瘤科、放射治疗科、感染科、传染科和结核病诊疗质量控制中心挂靠单位。
?医院主要临床科室有肿瘤病区（6个科）、肝科病区（3个科）、结核病区（2个科）、急性传染病科。同时，开设了脑外科、骨科、普外科、胸外科、胃肠外科、肝胆外科、血管外科、泌尿外科、疼痛科、妇产科、妇瘤科、乳腺科、心血管内科、内分泌科、消化内科、呼吸与危重症医学科、肾病科、中医科、骨伤科、儿科、男性科、耳鼻喉科、皮肤科等综合科室，形成了专科特色。其中肿瘤科、胸部肿瘤科、呼吸介入科、结核科为省市共建医学学科，肝病科为江西省重点建设学科。是全国中医药防治传染病临床基地、全国肝胆病防治技术示范基地和全国乙肝母婴零传播工程实施单位。
医院仪器设备先进。拥有三维适形精确放射治疗系统、西门子医用直线加速器、瓦里安Halcyon医用直线加速器、飞利浦大孔径CT模拟定位机、瓦里安三维后装近距离治疗机、德国西门子SYPMHONY1.5T磁共振系统、日本岛津大型C臂X线机、德国西门子SOMATOMSPIRIT全身螺旋CT机、荷兰菲利普1200mA大型全身直接数字化成像系统（DR）、免疫三氧治疗系统、人工肝支持系统、日本电子胃肠镜、日本OLYMPUS支气管镜、美国三维彩色多普勒超声诊断仪、全自动微粒子化学发光检测仪、全自动肝炎病毒基因扩增检测仪等先进设备。
建院以来，医院为保障人民群众身体健康特别是在突发公共卫生事件的应急处置做出了突出贡献。在抗击新冠疫情期间，作为全市新冠病毒感染阳性患者救治定点医院，有序的医疗救治工作和“零死亡”“零感染”“操作零差错”“患者零投诉”的成绩，得到了国务院指导组、时任省委书记刘奇和省长易炼红及市委、市政府的充分肯定，以及社会各界好评。
各级党委政府给予医院很高的荣誉，先后荣获“江西省抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“江西省先进基层党组织”、“全国医院文化建设先进单位”、“全国模范职工之家”、“全国综合医院中医药工作示范单位”、“全国爱婴医院”、“江西省文明单位”、“江西省五一劳动奖状”、“江西省三八红旗集体”、“江西省五一巾帼标兵岗”等荣誉称号。
未来，医院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指引，在九江市委、市政府的坚强领导下，在市卫健委的关心指导和社会各界的支持下，凝聚全院干部职工的智慧和力量，弘扬伟大的抗疫精神，用汗水浇灌收获，用实干笃定前行，朝着建设“综合功能齐全，专业特色鲜明，人民群众满意的三级甲等综合医院”的目标奋力拼搏！