上海市中医医院创建于1954年，2005年成为上海中医药大学非直属附属医院。是一所中医特色浓厚、临床科室齐全、医学人才汇聚，集医、教、研为一体的三级甲等综合性中医医院。
医院设有上海市名老中医诊疗所和上海市中医、中西医结合专家诊疗所两个专家诊疗中心，云集70余位上海中医界及长三角最高水平的专家为病人服务。
医院开放床位530张，临床科室设置齐全。现拥有卫生部国家临床重点专科3个；国家中医药管理局重点学科2个；国家中医重点专科6个；上海市优势专科2个；上海市中医特色专科5个；国家重点专科协作组组长单位1个；上海市重要薄弱学科1个；上海市中医新兴前沿交叉学科1个；上海市中医培育专科6个；国家中医药管理局重大疑难疾病中西医协作试点项目1个；上海市传统医学示范中心1个和上海市中医预防保健示范单位1个。儿科、脑病科、神志病科、肿瘤科、骨伤科、耳鼻喉科、风湿病科、外二科等临床科室优势明显。
医院坚持鲜明的中医特色，中药饮片使用在全市中医院位居前列，开设专科专病门诊118个，开展“冬病夏治”、“冬令进补”等中医特色工作。医院合理配置医疗设备，引进一批先进的现代化仪器设备，如MRI、256排CT、DR、CR、DSA、大型生化仪、聚焦超声刀、主动康复设备等为患者提供保障。年门急诊人次212万余，年出院人次2.8万余。
医院以师承教育为平台，培养新一代中医“名医”。拥有全国名老中医药专家传承工作室5项、上海市名中医工作室7项、上海市名老中医学术经验研究室7项、上海中医药大学名中医工作室5项、国医大师、全国名中医传承工作站4项，院级老中医工作室5项。拥有全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师3人、上海市名中医7人、上海市海派中医流派传承人才培养项目导师5人，享受国务院特殊津贴12人。近年来，医院加大人才培养力度，获得上海市领军人才、上海市浦江人才、市科委优秀学科带头人、国家中管局青年岐黄学者等荣誉。具有正副高级职称205人，博士后合作导师17人、博士生导师21人、硕士生导师70人。医师中硕博比达80.96％、护理人员大专以上学历达97.78％。
医院为上海市中医药研究院中医儿科研究所挂靠单位，医院与上海市中医药研究院老年病研究所合作成立中医老年病转化医学研究中心、医院与上海市中医药学会合作成立上海名老中医学术经验研究中心，以此和院级研究所（室）为平台，提高中医药科研能力。医院共承担国家自然基金、国家中医药管理局、国家教育部等各类各级科研项目200余项，拥有国家中医药管理局三级实验室、国家食品药品监督管理局GCP基地、国家医师资格考试实践技能考试与考官培训基地、住院医师规范化培训国家基地（中医）和全国健康促进与教育优秀实践基地。
医院始终积极探索多种形式的区域中医联合体建设，按市委市政府部署要求，作为上海市西部区域中医联合体牵头单位，完成静安、普陀、嘉定、青浦四区的中医联合体签约工作，其中静安区中医联合体建设已开展至第三轮。2020年8月26日，与长三角生态绿色一体化发展示范区执委会联合青浦、吴江、嘉善三地，共同签订《长三角生态绿色一体化发展示范区区域中医联合体战略合作框架协议》，为提升区域中医药服务水平做有益探索。医院与瑞金、儿中心、四康、市一、长征构建以提升疑难危急重症诊疗能力的中西医合作专科医联体，以优势专科（病）为引领的专科专病联盟型医联体等，不断提升区域中医整体水平，探索解决广大市民“看中医专家难”的问题，为百姓提供优质中医服务。
医院蝉联“上海市文明单位”、“爱国卫生先进单位”等称号，以“服务百分百，医患零距离”的服务理念，创新思路、积极探索，在全国率先推出以全程自助服务为特点的“门诊一站式”付费服务模式，简化就医流程，便民利民，深受广大老百姓好评。
在市（区）政府及上级部门的高度重视与大力关心下，2020年6月6日，嘉定院区项目正式开工。目前已完成各项地上、地下基础工程，完成主楼（10楼以下）和医技楼、东、西门诊楼搭建工程。预计2023年启动试运营，2024年6月6日正式投入运营。
2019年11月，根据静安区委区政府统一部署，医院石门路门诊部迁建工程（昌化路门诊部）顺利开工实施，新院区总建筑面积120000㎡。
在大数据，大健康的时代背景下，我院正经历跨越式发展，迎来机遇，更面临挑战。未来，医院将继续坚持公立医院办医方向，坚持公益性办院宗旨。推动一院三址“统一管理、互为补充、错位发展”。落实三级医院诊治疑难、急危重症的功能定位，聚焦医疗服务能力提升、学科人才队伍建设、医院综合管理能力创新，加速医院业务向疑难、危重疾病救治转型，创建国内知名的现代化研究型中医医院。