医院建于1897年，始称“安多医院”，是德国人在鲁西南设立的早利用西医手段治疗疾病的天主教会医院，距今已有110多年的历史。后兖州市撤市设区，原“兖州市人民医院”更名为“济宁市兖州区人民医院”。2014年5月，医院与济宁医学院附属医院签订协议，由附院本部医院，医院挂牌为济宁医学院附属医院兖州院区。
济宁医学院附属医院兖州院区是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的济宁市兖州区大的综合性医院，是济宁医学院教学医院、台北医学大学附设医院的协作医院。医院占地面积280亩，建筑面积19.4万平方米，资产总额19.6亿元，设备总值2.67亿元，现开放床位1200张，在职职工1350人，其中：山东省“海外特聘泰山学者”1名、职称专业技术人员114人，中级307人，具有博士学位3人，硕士学位80人。设有临床医技科室44个，护理单元32个（其中病区26个），职能部门16个。拥有3.0t磁共振、ge64排128层螺旋ct等一系列处于全国医疗科技前沿的医疗设备。年门诊诊疗51万余人次，住院诊疗5万余人次，住院手术量1万例次。
医院实现了数字化管理，目前拥有磁共振、ge64排128层螺旋ct、数字胃肠x光机、彩超、超声乳化仪、全自动生化分析仪、血球计数仪、数字化乳腺拍片机（钼钯）、电子胃镜、腹腔镜、微波治疗机、国内先进病理切片机、运动平板、心电监护工作站、c型臂、dr、直线加速器、全自动麻醉机、电动外科手术台、呼吸机、模拟定位仪、血液透析机、碎石机、动态血糖监测仪等大型仪器设备，了各类医疗设备的配置与医院的功能相适应，提高了临床的诊断治疗水平，百量级数字化手术间、重症监护等层流净化均达到了国内标准。
医院按照高起点定位、高标准规划、高质量设计的原则，采取节能、环保、绿色的设计理念，实施医病分流、可持续发展的规划设计，同时为医院将来发展需要预留空间。医院突出“低碳节能、绿色环保”的理念，是全国****采用地源热泵+天棚辐射采暖制冷系统新技术的医院，从而可医院室内温度达到四季恒温，配以优美的住院环境将让人倍感舒适与温馨。医院遵循以疾病为主线、以病人为中心、“以人为本”的建筑设计新理念，致力打造安全、便捷的就诊服务新流程，将为兖州及周边广大人民群众提供更好的医疗环境，大限度的发挥医疗科技水平。
