湛江在1983年前行政区域设置有湛江地区和湛江市。湛江地区（1970年前叫湛江专区）管辖现湛江、茂名、阳江三市所属范围，1958年至1965年广西的北海、合浦、钦州、防城、灵山等市、县曾从广西分出划入归湛江专区管辖。1983年前湛江市属湛江地区管辖，湛江市仅管辖市区范围。
1983年实施行政体制改革，实行市领导县体制，湛江市改为省辖市，湛江地区分出茂名和阳江市后，湛江地区机构和湛江市机构合併，成为市领导县体制后的湛江市机构，管辖当时五县四区范围。
1983年前，湛江地（专）区和湛江市分别建立医学会或医药学会机构。
1958年湛江市曾成立市医药学会，在湛江市区区开展医药科研学术活动。
1961年10月，湛江专员公署卫生局组织成立“湛江专区中华医学会筹备委员会”，分别向广东省中华医学会、广东省卫生厅、中共湛江地委有关领导报告。筹备委员会由湛江专员公署卫生局副局长赵文远任主任委员，设10个分科学组，组织全专区各市、县（和现湛江、茂名、阳江三市管辖范围和当时北海、合浦、钦州、防城、灵山等市、县）开展学术活动，并筹备成立中华医学会广东省湛江分会（专区）。
1963年1月15日至21日，中华医学会广东省湛江分会（专区）和湛江市医药学会联合召开1962年年会，全专区（含现湛江、茂名、阳江三市管辖范围和广西北海、合浦、钦州、防城等地）各市、县医学工作者170多人（正式代表138人参加会议），大会收到论文210篇，评选出优秀论文28篇，大会邀请广东省4位医学专家到会作学术报告；会议期间，湛江专员公署副专员黎江和中共湛江地委宣传部副部长杨飞到会讲话，是当时湛江专区各市、县医学工作者****最巨大的集会。会上正式成立中华医学会广东省湛江分会（专区），湛江专员公署卫生局副局长赵文远任主任委员。
1966年开始“文化大革命”期间，中华医学会广东省湛江分会(专区）和湛江市医药学会均仃止活动。
1978年8月，中华医学会广东省湛江分会（地区）恢复，湛江地区卫生局副局长、湛江地区人民医院院长邹炯任会长，学会设16个分科学组，当时护理学、中医学、中医学和药学设16个分科学组，不列入医学会名单。1980年以后，在各分科学组基础上，分别成立各分科学会。
1978年湛江市也成立中华医学会广东省湛江市分会（市区范围），设12个分科学组。
湛江实行市领导县体制后，1984年12月，中华医学会广东省湛江分会（地区）和湛江市分会（市区范围）合并，成立实行市领导县体制后的中华医学会广东省湛江市分会，召开会员代表大会，选举湛江医学院院长项凡为会长。
1989年12月，学会召开会员代表大会，选举出湛江市卫生局局长黎维洗为会长。
1998年10月，据国务院发布《社会团体登记管理条例》，学会称为湛江市医学会。
2002年8月，学会召开会员代表大会，选举广东医学院副院长，广东医学院附属医院院长陈孝文为会长。
2012年2月，学会召开第十二次会员代表大会，选举出湛江市卫生局局长吴明寿为会长。
2021年9月，湛江市医学会第八届**次会员代表大会，通过投票选举出陈志辉教授任湛江市医学会会长。
