南京中医药学会坐落在南京风景秀丽的秦淮河畔，有着悠久的历史。在清代嘉庆年间，南京就有“药王会”之设，并集资建立“痘神”专祠（又名长生祠）以为会址。1912年3月14日，在夫子庙长生祠，正式成立了南京中医学会，当时即有200余人登记入会，他们各自有着诊所、药铺，其中一些更是蜚声一方的名人，其中不乏被世人称之为“三卿一石”的京城四大名医朱子卿、武俊卿、随仲卿和王小石。选举出隋仲卿为会长、王小石为副会长。1928年10月7日改组为“南京市中医公会”，并召开全体会员大会，通过了学会简章，并推荐徐近仁、杨伯雅、隋翰英为常务委员。1929年，时任国民政府卫生部长的余云岫抛出“废止旧医”案，该方案激起全国中医药界的强烈反应，并直接催生了全国中医药联合会的成立，公推随翰英为联合会副会长。由南京医药名家随翰英、张简斋、杨伯雅、叶橘泉等人带领中医药界200多人，会同各地代表游行抗议，迫使当局撤销提案和解除歧视性法规。抗日战争时期，1938年，南京中医师公会**届委员会理事长为徐又椿，秘书长为王问儒，1942年第二届理事长为汪绍笙，秘书长为王问儒。抗日战争胜利后，1946年，在大油坊巷39号，南京中医界名流周柳亭等11人依照民国政府非常时期人民团体组织法及医师法规定联合发起组织成立了“南京市中医师公会”，并通过了公会章程，张简斋被选为理事长，周柳亭、郭受天、王翰臣、井振亚为常务理事。当时有会员113人。
新中国成立后，百废待举，中国共产党和人民政府非常重视中医药事业的发展，国家采取有力措施革故鼎新扶植中医药事业，使已奄奄一息的中医药事业迅速得到了恢复、振兴。在党和南京人民政府的关心和支持下，1952年12月成立了南京中医学会。张仲梁为学会理事长，濮青宇、隋建屏为副理事长，王问儒为秘书长。会员413人。学会在******主席“中国中医药学是一个伟大的宝库，应当努力发掘，加以提高”的号召下，开展各类中医药人员的中医理论基础和技术培训，协助市政府开办南京中医进修学校，编写全市统一成方配本。在社会主义改造高潮中，将南京中医开业人员联合起来，成立中医、中西医联合诊所，走上集体化道路。举办以中医药学术报告会、座谈会、经验交流会为主，辅以短期培训，组织编写传染病防治手册，致力促进南京地区中医药事业的发展。
国家改革开放后，1978年12月30日恢复学会活动，1991年南京中医药学会在南京市科协、南京市民政局和南京市卫生局领导下，重新注册登记，并召开了全体会员大会，通过了学会章程，选出了第五届理事会，邹云翔为学会理事长，付宗翰、江育仁、孟景春为副理事长，赵敏为秘书长。会员352人。初步完善了学会组织机构，开办中医理论、中医经典著作、中医医古文、中医经验、针灸等专业班，印发各种中医学术资料，中医学术活动始终保持中医特色，发扬中医辨治理论，坚持为临床应用服务。
在历史的岁月中，学会逐步发展壮大，先后召开了10次会员代表大会及理事会换届改选大会。目前，南京中医药学会已成为党和政府联系南京地区中医药科技工作者的纽带和发展中医药事业的重要社会力量，是南京市科学技术协会的重要组成部分，挂靠于南京市卫生局，是依法登记成立的法人社会团体。会址位于南京市金陵路1号，南京市中医院内。学会现拥有心病、脑病、肾病、脾胃病、中医杂病、内分泌、外、妇、儿、骨科、肛肠、耳鼻喉、青年中医、中药、养生康复、中医肺病、中医护理17个专业委员会，17家单位会员和1333名个人会员，刘玉成任理事长，陈年延、操海明、李俭、张骠、单兆伟、张钟爱为副理事长，黄洁为秘书长。学会工作在上级各级领导和相关部门的关心支持下，在学会常务理事会的领导下，工作成绩突出，多次被中华中医药学会、江苏省中医药学会、南京市科协评为学会工作先进集体。
