北京药师协会由北京地区医药企业与医疗机构的执业药师和其他药学专业技术人员自愿联合发起成立，是经北京市社会团体登记管理机关核准登记的行业性、非营利性社会团体，成立于2002年8月。
北京药师协会的最高权利机构是会员代表大会，领导机构是理事会，下设秘书处和12个专业委员会。
北京药师协会接受社会团体登记管理机关北京市民政局的业务指导和监督管理，是党和政府联系广大药师的桥梁和纽带，是推动北京药学科技事业发展的重要力量。
北京药师协会的基本宗旨是自律、维权、协调、服务。
北京市民政局为本会核准的业务范围是：政策宣传、学术交流、国际交流、继续教育、专业培训、科学普及、咨询服务、技术推广、维护执业药师的合法权益。
北京药师协会是全国最早从美国引进药物治疗管理（MTM）理念与培训方式的单位，在北京市卫健委、北京市医院管理中心等部门的支持下，为各级医疗机构和药品零售企业培养出不少药物治疗管理专业人才。
