新疆现代职业技术学院前身为“新疆医学科技教育中心”。1995年，新疆现代职业技术学院由吾甫尔·尤努斯等，以10万元资金创建，初始以开办高考辅导、成人高考辅导、短期培训班等为主。

 1997年批准成立了“新疆医科专修学校”，以后又与新疆医学院合作成立了“新疆医学院高职学院”。2004年3月4日经自治区人民政府批准，报国家教育部备案，正式成立为具有独立颁发国家学历文凭资格的民办普通高等职业技术院校-新疆现代职业技术学院，成为新疆首所民办高职院校。