学校前身是始建于1949年初的冀鲁豫区第二师范学校。1958年8月改建为菏泽师范专科学校。2002年，菏泽师范专科学校、菏泽教育学院、菏泽广播电视大学3所学校合并，同时并入菏泽师范学校、菏泽农业学校，筹建菏泽学院。2004年5月，教育部批准菏泽学院为普通本科高校。2011年，单县师范学校、郓城师范学校并入菏泽学院。

 历经75年的建设和发展，学校已成为一所多学科门类协调发展的高校，先后获得省级文明单位、省级花园式单位、山东省绿色学校、全省高校教学管理先进单位等荣誉称号。建校以来，已向社会培养输送近23万名高素质人才。

 学校总占地面积1424.24亩，建筑面积63.28万平方米，教学科研仪器设备总值2.43亿元。设有22个教学单位，62个本科专业，形成九大应用型专业群，涉及十大学科门类。拥有省高水平应用型专业群5个、省****本科专业8个，国家和省级****本科课程27门，山东省工程实验室、技术研究中心、人文社科研究基地、外事研究与发展智库等23个。面向29个省、自治区招生，全日制本专科在校生2.49万人。
 学校师资队伍力量日益壮大。坚持“人才兴校”战略，大力实施高层次人才引育工程。在职教职工1746人，其中专任教师1290人，具有研究生学位教师1141人、具有博士学位教师357人、高级职称教师466人。现有“双师型”教师799人。国务院特殊津贴专家、省突出贡献专家、省政府特殊津贴专家、省优秀教师、省教学名师、省重点扶持区域引进急需紧缺人才等16人，省高校“人才引育计划”团队、“青创科技计划”团队、“黄大年式”教师团队、省哲学社会科学青年人才团队等10个，聘用高水平专家15人。

学校人才培养质量稳步提升。坚持“质量立校”战略，大力实施新时代立德树人工程。加快应用型本科高校建设，构建应用型人才培养体系。以现代产业学院建设为抓手，推进协同育人，现有东明石化能源科技学院、睿鹰生物医药产业学院、山东大健康产业学院等8所现代产业学院。强化课程建设和教学改革，实施“金课”建设工程，获批省教改项目、教学成果奖等50项。重视实践教学，建设实习实训基地600多个，获批山东省实验教学示范中心2个、省级高校示范性实习（实训）基地5个、省专业特色学院（现代高效农业学院）1所、省普通本科高校示范性基层教学组织1个。开展就业创业教育，获批国家大学生kab创业教育基地，学生每年获省级以上竞赛奖励1000多项；推进就业“一把手”工程和访企拓岗促就业专项行动，毕业生就业质量稳步提升。
  学校科技服务能力不断增强。坚持“科研强校”战略，大力推进校城融合发展。校地校企共建牡丹研究院、黄河研究院、药物研究院、高端化工研究院等科研平台，积极开展协同创新。选派优秀教师197人挂职企业科技副总，服务企业科技进步和地方经济社会发展。现有国家现代农业技术培训基地，山东省大数据人才培训基地、省大数据人才培训示范基地等高水平基地5个。近年来，获批******项目25项、省部级项目196项，国家专利1021项（发明专利208项），获省社会科学优秀成果奖、淮海科学技术奖等省部级科研奖励21项。学校入选省科技成果转化综合试点单位，大力推进成果转移转化。

 学校文化传承创新成果丰硕。学校根植菏泽丰厚文化资源，积极推进优秀传统文化创造性转化、创新性发展。创编演出弦索乐歌《苏堤月》《牡丹吟》和大型实景剧《曹州吟》等，新编历史剧《循吏范希正》入选省舞台艺术青年人才创作扶持大型项目，《黄河归故》入选国家广电总局重大理论文献专题片，“琴筝清曲”“山东梆子”获批省中华优秀传统文化传承基地。加强校园文化载体建设，教师教育博物馆和鲁筝艺术博物馆成为校园文化品牌，“筝声鲁韵”项目获得第五届山东省政府文化创新奖，“聆听世界”文化讲坛入选山东省十大思政项目。积极推动优秀传统文化进校园，学校获批山东省首批中华优秀传统文化传承示范校、省第二批美育浸润行动计划试点单位，入选省中华经典吟诵特色学校。  

 学校国际合作办学取得突破。坚持“开放活校”战略，优化国际交流布局。与近30个国家的82所高校或教育机构建立友好往来关系，建立海外教学实习、人文交流、引智协作基地（中心）16个。与德国莱茵科斯特有限公司等形成战略合作关系；与白俄罗斯戈梅利国立大学合作办学项目进展顺利。推进“海智工作站”建设，现有海智专家54人，实施海智项目7个，与菏泽市外事办共建菏泽市现代农业海外专家智库。

 学校内部治理体系更加完善。实施“依法治校”战略，以《菏泽学院章程》为统领，不断健全现代大学制度体系。推进教育评价改革，教育教学工作进一步规范。深化校院管理体制改革，推进管理重心下移，激励二级学院特色发展。修订完善财务管理制度，规范资产和项目采购，资源配置进一步优化，学校重点工作得到有力支撑。优化工会、妇委会职能，推进共青团、学生会、学生社团改革，重视发挥学术委员会等学术机构作用，依法推进民主治校。成立理事会、校友会、教育发展基金会，学校整合社会资源能力明显增强。
 立足新发展阶段，学校坚持以******新时代中国特色社会主义思想为指导，完整、准确、全面贯彻新发展理念，全面落实党的教育方针，牢记立德树人根本任务，秉承“修德、笃学、求是、创新”的校训精神，按照学校第四次党员代表大会确定的“12359”发展思路，聚焦应用型人才培养主责主业，坚定内涵式高质量发展主题主线，大力推进实施“五大战略”“九大工程”，向着建设特色鲜明的高水平应用型大学的奋斗目标不断迈进。