航天中心医院建院于1958年，是一所学科完备、功能完善、医教研协调发展的大型三级综合医院、北京大学航天临床医学院、北京理工大学教学医院、北京市海淀区区域医疗中心、海淀区西南部医联体理事长单位，是国家药物（器械）临床试验机构、北京市住院医师规范化培训基地、北京市基本医疗保险A类定点医疗机构、北京市工伤定点医疗机构。医院承担着三级医院医疗、教学、科研、预防工作，同时承担着国家部委、航天及国防军工系统、中央企业的医疗保障任务。
医院现有本部院区1个，分院区1个，所属及托管二级医院2家，所属一级医院2家，统筹管理床位2500余张。职工总数3000余人，高级专业技术人员600余人，研究生导师80余名，国际宇航科学院院士1人，全国杰出专业技术人才1人，享受政府特殊津贴等国家级荣誉奖励专家20余人。
医院在国家卫生健康委员会全国三级公立医院绩效考核中排名无年报组第12位，国家监测指标等级A级，进入全国综合医院排名前10％行列。在北京市三级医院医疗服务能力综合评价中排名第13位，医疗服务能力跻身北京市一流三级综合医院行列。医院作为唯一一家医疗机构入选国务院国资委《国有重点企业管理标杆创建行动标杆企业名单》，成为央企办医标杆典范。
医院实施科教兴院、协同发展的医院发展战略，学科特色鲜明，技术优势突出。形成了介入诊疗、微创外科、再生医学、急危重症救治、健康管理五大技术优势，腹膜假黏液瘤治疗技术及学科影响力位居全国顶尖，神经内科、检验科、影像科、病理科、麻醉科获批北京市临床重点专科，血液科、重症医学科、骨科、心脏医学部、普外科、泌尿外科、老年医学科、急诊科、口腔科等学科影响力居北京市前列。医院积极推进科技创新发展，形成了航天医学、医工结合科技创新特色，承担着多项国家自然科学基金、国家载人航天实验项目及试验舱搭载等国家重点科研项目，是中国医药教育协会航天医学专业委员会主任委员单位，在航天医学领域有着广泛影响力。医院同时承担着北京大学临床教学任务20余年，教学成绩名列北京大学临床医学院前列。
医院是“全国文明单位”“全国百姓放心百佳示范医院”，是国家卫生健康委“改善服务创新医院”“改善医疗服务示范医院”，是“首都文明单位标兵”“北京市扶贫协作先进集体”。医院优质服务品牌“张佩珊护理组”是“全国卫生系统先进集体”，神经内科获评“全国青年文明号”荣誉称号。
今天的航天中心医院继续坚持“服务永恒·追求卓越”的服务理念，秉承“自强、奉献、创新、超越”的医院精神，正朝着创建一流北京大学临床医学院的宏伟愿景奋勇前进！