2009年，经国家教育部批准，清华大学整合医学、生物、工程、化学等多学科优势，设立药学本科学位授予点，并在此基础上招收“医学药学实验班”，旨在培养药学领域高端人才，满足国家战略需求；2012年1月，经校务会议讨论，决定成立清华大学药学系，英文名称DepartmentofPharmacologyandPharmaceuticalSciences，并于同年11月举办了建系仪式，由刘刚教授担任系主任；为更好地满足药学学科发展需求，为早日实现建设世界一流、一流前列、顶尖大学的目标同步贡献力量，经校务会议讨论，决定成立清华大学药学院，英文名称SchoolofPharmaceuticalSciences，英文缩写SPS。2015年12月25日，药学院正式成立。2015年12月至2022年6月，由丁胜教授担任首任院长；2022年7月起，由钱锋教授担任院长。
清华大学药学院建院时间虽短，但高屋建瓴，面向国家重大战略需求，充分利用后发优势，定位转化特色，围绕药学关键生物问题、药学关键技术研究以及疾病研究与靶向治疗三个方向，开展队伍建设、人才培养、科学研究、平台建设、对外合作等工作，药学学科建设取得长足进步，创新能力全面提升、重大成果持续涌现。
队伍建设方面，药学院共有在职教师38人，其中教研系列33人、教学系列1人、研究系列4人。近80％教研系列教师入选国家高层次人才项目、国家高层次人才青年项目，形成由战略科学家、一流科技创新领军人才、卓越青年人才组成的人才梯队，成为最坚定的队伍核心。另，学院有在站博士后82人，作为科研骨干，成为最坚实的队伍支撑。
人才培养方面，药学院目前全日制在读学生共计376人，其中本科生100人、硕士研究生2人、博士研究生274人。清华大学药学院每年通过全国高考以及清华大学强基计划择优录取本科生，同时通过本、外校推荐免试以及全国统招的方式择优录取研究生，生源优秀。2022年7月，药学一级学科博士学位授权点正式设立，标志着清华大学形成药学本、硕、博一体化教育教学体系，人才培养迈入新的历史阶段。
科学研究方面，药学院充分发挥了基础研究的主力军和重大科技突破的策源地作用，不断强化药学基础研究，持续攻坚药学关键核心技术、加速应用新兴科技，突破成果转化瓶颈。众多原始创新、核心技术积累，已显示出强大的应用价值，有望短期内实现有组织的、建制化的、规模化的药学创新成果转化，抓住历史机遇，在迈进制药强国征程中，乘势而上，进一步强化引领作用，提升国际影响力和竞争力。
平台建设方面，药学院致力于构建可推进高效、系统化转化的共享平台。已建平台包括新靶点发现子平台、高通量筛选子平台、计算机辅助药物设计子平台、药物制剂子平台等。目前已面向校内及校外高校与研究所，开放了首个由专业团队管理和运营的，以药物发现、筛选和评价为核心的公共服务平台——药学技术中心，成为药物研究与发现的重要支撑。
对外合作方面，药学院始终以开放的姿态，探索多元联动合作模式。与美国、澳洲等地在内的高校、研究所、企业保持着多种模式的人才培养合作；与包括先声药业、渤健、强生、拜耳、百时美施贵宝等在内的国内外行业顶尖企业保持着科学研究、成果转化等各方面多形式的深度互动。
立足“两个大局”、心怀“国之大者”、把高质量发展贯穿在各项工作之中，是清华大学的时代选择。高质量发展药学学科，是清华大学药学院的使命。药学院将围绕“高质量”，继续坚定发展。期望到2030年，在服务国家战略能力上更加突出，在国际学术领域的地位和影响力显著提升，治理体系更加成熟完善，形成具有中国特色、清华风格的药学学科体系，联动健康学科群交叉融合，推动医药创新高地建设，为制药强国战略、人类健康共同体建设贡献清华智慧。