安徽医科大学第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等多功能于一体的三级甲等现代化综合性医院。医院于2008年开诊，2013年率先在安徽省按照原卫生部部颁标准通过国家三级医院等级评审。2017年初，医院以高分通过JCI国际认证（JointCommissionInternational，医疗机构评审联合委员会国际部），成为安徽省首家获得JCI认证、全国第十家以学术型医学中心医院通过JCI评审的大型公立医院。医院现拥有1个国家临床重点专科建设项目，11个省临床重点专科，其中2022年获批省重点专科1个（眼科）；拥有省级临床研究中心1个，教育厅重点实验室1个；2023年获国家自然基金立项33项，位列全国医院前五十强。省科技进步奖9项，省级教学成果一等奖1项；9个学科位居中国医学院校科技量值全国百强；在9月30日国家卫生健康委公布的2021年度全国三级公立医院绩效考核（国考）中获A+等级，位列全国87名。
近年来，医院先后荣获“全国卫生先进单位”“全国创先争优先进基层党组织”、“全国医院文化建设先进单位”“全国城市医院思想政治工作先进单位”“全国百姓放心示范医院”称号，连续四年获得全国“改善医疗服务”示范表彰。2022年，获全国“公立医院高质量发展示范案例奖”，首次荣获“安徽省服务行业居民满意度调查”医疗行业第一名。2021年获得“安徽省十佳履行社会责任最满意单位”、中国现代医院管理典型案例等荣誉称号，医院近20名医护人员获得“中国好人”“安徽好人”“合肥好人”“最美医生”等荣誉称号。
医院位于安徽省省会合肥，总建筑面积281668平方米。院内以科学的流线设计将医用、人流、物流科学分开，配以全面集成数字化信息系统、完善的生活休闲服务设施，构筑了一座花园式、人性化的舒适性医院，2018年被评为首届中国最美医院。
医院目前开放床位2650张，现有员工3124人，其中高级职称493人，博士305人，在站博士后43人，教授29人，博士生导师55人，国家百千万人才工程1人、国家重点人才计划青年项目入选者1人；国务院特殊津贴5人、省政府特殊津贴4人、国家卫生健康突出贡献中青年专家2人，国家卫生计生突贡中青年专家1人、省学术技术带头人及后备人选20人、江淮名医13人、省杰青3人、优青5人、省特支2人、皖江学者特聘教授1人、青年皖江学者2人、省卫生系统青年领军人才9人。其中2023年已来院报到博士52名，博士后进站7名，柔性引进高端人才14名
医院学科齐全，综合诊疗水平高，共开设40余个临床医技科室，呼吸与危重症医学科获批2022年国家临床重点专科建设项目，拥有肿瘤科、麻醉与围术期医学科、呼吸与危重症医学科、骨科、泌尿外科、肾脏内科、血液内科、儿科、检验科、耳鼻喉头颈外科、眼科11个省级临床重点专科。医院为挖掘内在潜力，重点培育发展，着力实施“建名科、树名医”战略，加大对学科建设的投入和扶持力度，确定康复运动医学科、泌尿外科、眼科和放射科等8个院级重点发展专科。医院以重点学科为依托，整合资源，协调发展，形成具有我院特色的学科建设方向。入选安徽省第十三批“115”产业创新团队，获批安徽省危重症呼吸疾病临床医学研究中心和安徽省重点实验室（麻醉）。2022年，医院高分通过了中国血友病诊疗中心建设项目评审，正式成立安徽省首家血友病诊疗中心；2021年获批肝肾器官移植资质以来，已开展肾移植手术47例、肝移植手术13例。积极打造高水平药物临床试验研究（GCP）和转化医学平台，国家药监局数据显示，2022年我院创新药物I期临床试验项目数（含BE）排名全国第一（试验数79项）。
2022年，医院引进的安徽省首台MAGNETOMVida3.0T核磁共振成像设备正式投入使用，为新一代智慧型生命感知型磁共振，配置了业界首个生命矩阵系统；引进第四代“达芬奇”手术机器人设备正式投入使用；引进安装新一代高清动态放射外科全流程智能数字化平台直线加速器。
医院拥有规范化的中心实验室和标本库，为临床科研提供了坚实的平台支撑。近年来，医院获批87项国家自然科学基金项目。主编或参编学术著作130部；发表学术论文5341篇，其中SCI收录期刊论文1069篇、最高影响因子高达36.37分，中文核心期刊论文1176篇。
作为安徽医科大学直属附属教学医院，医院教学师资充足，设施齐全，建有占地约1000平方米的临床教学技能培训中心和教研室用房，是美国心脏协会（AHA）心血管急救培训中心、安徽省住院医师规范化培训基地。2017年，代表安徽医科大学组队参加第八届全国高等医学院校大学生临床技能竞赛，荣获全国总决赛一等奖。医院近年来与美国弗吉尼亚联邦大学医学院Weil危重研究所，美国德克萨斯大学M.D.安德森癌症中心、美国加州大学旧金山分校医学院等国际一流院校医疗机构建立了长期科研合作、人才培养和学术交流等方面的关系，不断提升医院青年骨干的临床专业能力和科研水平。
自建院以来，安医大二附院对内致力于强化内涵建设、提升管理和服务水平、不断改善疗愈环境，积极履行公立医院的责任和使命。医院以省内唯一一家JCI认证公立医院为平台，建设国际医疗部；一体化托管省政府机关医院和经开区社区卫生服务中心，打造紧密型城市医联体，不断创新高质量发展新模式。与邵逸夫医院、上海儿童医学中心等长三角先进医院建立战略协作关系；医院通过不断提升综合实力和核心竞争力，推进医院医教研协同高质量发展。对外先后多批次组织医疗队员远赴南也门、南苏丹，新疆和田、西藏山南等地，圆满完成援外、援疆、援藏等医疗任务，同时，医院积极选派医生参加安徽省健康脱贫“百医驻村”任务。医院广大医务工作者白衣执甲、逆行驰援湖北武汉、孝感、安徽阜阳、蚌埠等地，在抗击新冠肺炎疫情、为群众接种新冠疫苗等各项工作中以过硬的业务素养出色的诠释了“敬佑生命、救死扶伤、甘于奉献、大爱无疆”的崇高职业精神。医院一大批优秀医务工作者先后荣获全国援外医疗先进个人、中国好医生、中国好人、安徽省优秀共产党员、安徽好人、安徽省五一劳动奖章、安徽省抗击新冠肺炎疫情先进个人等诸多荣誉称号。