南京市第一医院（南京医科大学附属南京医院、中国药科大学南京市第一医院），是原卫生部首批三级甲等综合性医院。医院创建于1936年2月，现有1个主院区和2个分院区（南院和河西院区），在职职工3340人，编制床位2600张，占地面积10.10万平方米，建筑面积22.15万平方米。2022年，医院诊疗总人次215.54万人次，出院人次8.31万人次。医院设有南京医科大学第三临床医学院、中国药科大学南京市第一医院、南京市心血管病医院、国家药物临床试验机构、国家首批心脏移植准入医院、国家首批工伤康复试点机构、国家良性前列腺增生健康管理基地等。
医院科室设置完善，现有国家级医学重点学科1个，国家临床重点专科1个，江苏省医学创新中心1个，省级医学重点学科5个，省级创新团队6个，省级临床重点专科19个，省专科（病）诊疗中心1个，南京市医学重点专科15个，南京医科大学重点学科4个，南京医科大学重点学科优选学科1个。设有国家级博士后科研工作站1个、院士工作站3个。
医院医疗水平精湛，现已成立国家级示范高级卒中中心、国家级帕金森病标准中心、省级胸痛救治中心、区域级创伤中心和市级危重孕产妇救治中心，并形成以冠脉分叉病变的介入治疗、肺动脉去神经术、心脏移植技术、微创心脏不停跳搭桥技术、急性缺血性卒中血管再通治疗技术和数字骨科的个性化精确化诊疗为主的医疗技术特色。先后获评“国家心血管区域医疗中心联合单位”“国家心血管疾病临床医学研究中心分中心”“国家标准化肺血管病中心卓越中心”“全国肺栓塞和深静脉血栓形成防治能力建设项目血栓防治中心优秀单位”“江苏省国家分娩镇痛试点医院优秀单位”等荣誉称号。
医院教学体系完整，设有临床学位分委员会1个，教学督导室1个、教研室20个；现有博士点14个、硕士点30个；博士生导师23人、硕士生导师153人；教授31人、副教授101人。现有含住院医师规范化培训基地在内的国家级培训基地6个、省级培训基地5个。每年在院培养博士生、硕士生、本科生、进修生、住院医师规范化培训等各类学员1200人。
医院医疗设备先进，拥有百万元以上设备132套，包括：112环数字光导PET-CT、直线加速器系统、同位素单光子发射计算机断层扫描仪（ECT）、3.0T磁共振断层扫描仪、双源CT、多层面螺旋CT、数字血管造影系统（DSA）、数字化X线成像系统（DR）、高能超声聚焦治疗机、光学干涉断层成像系统和数字化手术室系统等先进设备。
2015年起，医院积极探索建立上下联动、双向转诊的分级诊疗医联体模式，与秦淮区政府、雨花台区政府、建邺区政府等签署医联体合作协议，通过托管病区、业务指导、远程会诊、慢病管理、建立远程检验检查中心，促进优质医疗资源下沉，所做工作被江苏省医院协会评为优秀案例。现有院府合作7个、医联体成员单位50家、专科专病联盟2个、市级基层特色科室孵化中心2个。2002年，通过英国BSI太平洋公司医院ISO9001质量管理体系认证；2013年，医院在全省范围内首家通过英国保柏集团的“管理质量服务（MQS）”银级认可。2021年，成功获评国家卫生健康委互联互通成熟度四级甲等。
医院先后获得“全国文明单位”“全国援外医疗工作先进集体”“全国红十字模范单位”“国家级节约型公共机构示范单位”“中国医学科学抗疫先进医疗队”“江苏省先进基层党组织”和“江苏省老年友善医疗机构优秀单位”等荣誉称号；在中国医学科学院发布的2021年度中国医院科技量值（STEM）暨五年总科技量值（ASTEM）中，医院综合排名位列《五年总科技量值排行榜》全国第92位。