连云港市疾病预防控制中心是在撤消连云港市卫生防疫站、连云港市皮肤病防治所、连云港市健康教育所等3个财政拨款事业单位的基础上进行优化组合，重新组建而成，并于2002年4月28日正式挂牌，同时保留了“健康教育所”、“结核病防治所”、“放射卫生防护所”和“皮肤病防治所”四块牌子。
连云港市疾病预防控制中心编制为198人，实有在编在职165人，专业技术人员162人，其中高级职称63人，中级职称47人，硕士研究生42人，本科生116人。拥有省“333”工程培养对象1人，市“521工程”培养对象3人，享受市政府特殊津贴专家2人。
中心设有办公室、党办（人事处）、监察室、财务科、总务科、科研质管科、综合业务办、急性传染性疾病防制科、慢性传染性疾病防制科、性病艾滋病防治科、免疫规划科、慢性非传染性疾病防制科、寄生虫与地方病防制科、放射卫生与病媒生物科、食品与学校卫生科、职业与环境卫生科、检验科、健康教育科等18个科室。
中心主要承担了全市传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制；突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；疫情及健康相关因素信息管理；健康危害因素监测与干预；疾病病原生物和理化检测、鉴定、评价；健康教育与健康促进；疾病预防控制技术管理与应用研究指导等7大类260多项公共卫生职能。
中心始终秉持“预防为主，为民服务”的方针，紧紧围绕保障人民群众健康、促进社会经济发展工作任务，以建设现代化疾控中心为目标，各项工作取得显著成效。成功实现消除或基本消除小儿麻痹、麻疹、疟疾、碘缺乏病的目标。传染病发病率连续40年控制在全省平均水平以下，建成覆盖市、县、乡三级医疗卫生机构的疾病防控工作体系。成功应对新冠肺炎、非典、禽流感、手足口病、甲流等数十起突发的传染病疫情和其他公共卫生事件。艾滋病、结核病等重大传染病防控全面完成“十三五”各项工作任务，并圆满通过省级评估，建立并完善“四级三方医防合作”的结核病综合防控工作网；建成艾滋病监测实验室网络。儿童预防接种全面实现智能化管理，数字化门诊实现100％，全省领先。成功打造3个国家级慢病示范区和6个省级慢病示范区，实现省级以上慢性病综合防控示范区全覆盖。地方病和寄生虫病都得到了有效控制。健康教育广泛深入，城乡居民的健康意识、健康素养水平显著提升。建立了完备的食品、饮用水安全监测体系，并规范运作。实验室的技术支撑能力显著提高，先后取得国家实验室认可、江苏省资质认定和食品检验机构、艾滋病初筛认可、国家级流感监测网络实验室、寄生虫参比实验室等10余项资质，出具的检测报告在全球50多个国家通行。与此同时，中心还与南京医科大学康达学院、徐州医学院、蚌埠医学院等多家医学院校建立教学关系，成为其教学、实习基地。现有2022年获评连云港市“十四五”花果山科教强医工程医学创新团队1个，青年医学人才1人。
多年来，中心先后获得“全国肿瘤登记工作贡献奖”、“全国麻防防治先进集体”、“全省抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“江苏省工人先锋号”、“全省免疫规划（预防接种）先进集体”、“全省疾病预防控制工作先进集体”、“全省卫生系统创先争优活动先进基层党组织”、“全市卫生系统抗震救灾先进集体”、“市五一劳动奖状”等一系列荣誉称号，谱写出一曲曲动人的捍卫人民健康新乐章。与此同时，中心还与南京医科大学康达学院、徐州医学院、蚌埠医学院等多家医学院校建立教学关系，成为其教学、实习基地。现有2022年获评连云港市“十四五”花果山科教强医工程医学创新团队1个，青年医学人才1人。