内蒙古自治区中蒙医药研究院始建于1956年，前身为内蒙古自治区中蒙医研究所，1958年组建为原内蒙古自治区中蒙医医院，实行两块牌子一套领导机构，统一管理。2012年，随内蒙古自治区中蒙医医院划分内蒙古自治区中医医院和内蒙古自治区国际蒙医医院，同步划分为内蒙古自治区中医药研究所和内蒙古自治区蒙医药研究所，分别与相应医院合署办公。2020年，经中共内蒙古自治区委员会机构编制委员会批准，合并2家研究所成立内蒙古自治区中蒙医药研究院，为内蒙古自治区卫生健康委员会所属相当于正处级公益二类事业单位，主要职责为开展医药基础、临床应用研究；组织实施重大疾病、突发传染病防治科研攻关，开展临床应用；开展医药资源、药材种植研究工作。拟定和实施研究规划、计划，制定科学研究指南；开展医药研究相关教育工作。推进科研成果转化、应用、推广和市场化，开展相关领域的交流培训。
内蒙古自治区中蒙医药研究院核定事业编制90名，内设党委办公室、综合办公室、科研管理科、中医药研究所、蒙医药研究所、蒙中西医结合研究所、医疗器械研究所、实验中心、转化推广中心、心身医学研究所，含内蒙古蒙医药博物馆、中医药杂志编辑部和蒙医药杂志编辑部，承担《中国民族医药杂志》《中国蒙医药》《内蒙古中医药》3本杂志的编辑出版任务。实验室面积约2000平方米，拥有药物成分分析检测、中药（蒙药）剂型研究、中药（蒙药）化学研究、免疫组化及病理分析、细胞实验及分子生物学等平台，可开展药物研发临床前研究。同时拥有标准化的PCR实验平台、血液和免疫生化分析平台，可开展临床样本的遗传代谢病检查及基因测序，自身免疫性检查、生化检查、血液学检查、病理检查等多种检测。平台配备全部进口高端设备150多台（套），总投资达3000多万元，形成了以中药（蒙药）药效物质及作用机制研究、创新产品研发、剂型改革研究、中药材（蒙药材）及制剂质量控制研究、临床样本研究为一体的现代化研究平台。承担自治区卫生健康委员会交办的其他相关工作。拥有国家中药分析实验室、农产品加工技术研发专业中心，国家中医药管理局省级中药原料质量监测技术服务中心，道地药材种植标准化与质量评价工程实验室、中药鉴定学重点实验室、“黄芪药用植物资源与开发利用”院士工作站，内蒙古自治区中医药（蒙医药）适宜技术推广质控中心，是国家中药材产业技术体系阿拉善综合试验站和稀缺中药材种苗基地、全国中药（蒙药）炮制技术传承基地、内蒙古自治区中医药（蒙医药）文化宣传教育基地、蒙古高原地区大宗药用植物标准化种植技术及产地加工培训与服务基地（国家中医药管理局中医药国际合作专项）、内蒙古自治区中医药（蒙医药）展示推广应用基地、内蒙古自治区西学中培养基地、内蒙古医科大学硕士研究生培养基地、内蒙古科技大学包头医学院硕士研究生培养基地、自治区“创新先锋号”和“科普教育基地”，完成多项国家、自治区、盟市级科研课题，获得多项授权发明专利及高新技术产品认定。
内蒙古自治区中蒙医药研究院作为全区中医药（蒙医药）科技创新体系的龙头单位，坚持以人民为中心，坚持“四个面向”，坚持传承精华、守正创新，秉持开放包容、合作共享的建院理念，发挥中医药（蒙医药）的资源优势，聚焦人民关心的重大疾病防控、食品药品安全、人口老龄化等重大民生问题，在生物医药、医疗设备、健康、环保等领域加快科技创新，为推动中医药（蒙医药）标准化、现代化、产业化、国际化发展贡献力量。