北京大学药学院是全国重点药学院（系）之一，是国家最早建立的高等药学院校之一，其前身为北京大学中药研究所，始建于1941年。本科曾设本草、制药、药学、药检、药物化学、生药学、应用化学（医药）、药理学等专业，2001年至今设药学专业，是国内唯一培养六年制本硕连读的药学专业。学院以建设国际一流药学学科、引领国内药学教育发展、培养高层次研究型药学人才为目标。
1943-1945年刘思职教授任系主任，1945-1947年陈同度教授任系主任，1947-1958年薛愚教授任系主任，1958-1966年王序教授任系主任，1978-1983年王序教授任系主任，1983-1988年王夔教授任系主任、院长，1988-1999年张礼和教授任院长，1999-2004年彭师奇教授任院长，2004-2005年刘俊义教授任常务副院长，2005-2016年刘俊义教授任院长；2016-2023年，周德敏教授任院长；2023年7月起，叶敏教授任院长。
药学院由七系（化学生物学系、药物化学系、天然药物学系、药剂学系、分子与细胞药理学系、药事管理与临床药学系、药物分析学系）、一室（天然药物及仿生药物全国重点实验室）、一所（应用药物研究所）、一中心（药学实验教学中心）组成。下设四个委员会：学术委员会、教学委员会、安全管理委员会、仪器设备购置及使用委员会。
北京大学药学学科于2007年被认定为国家一级重点学科，下有三个国家二级重点学科，即药物化学、生药学及药理学；一个卫生部重点专科即临床药学和一个国家中医药管理局重点学科，即中药分析学。药学学科进入ESI全球前1‰学科，QS排名连续多年居中国大陆首位。在教育部第四轮学科评估中为A，第五轮学科评估北京大学药学学科位居前列，2017年入选教育部双一流建设学科。
学院拥有一支以学识渊博、治学严谨的专家学者为核心的师资队伍。截至2022年底，在岗教工173人，其中正高职称45人，副高职称66人，中级职称59人，初级职称3人，学院专任教师127人。现有院士2人，长江学者特聘教授4人，杰青8人，海外高层次青年人才12人，青年拔尖人才4人，青年长江学者2人，优青8人，新世纪人才11人。先后有四位教授遴选为院士（王序、楼之岑、王夔、张礼和），有五位校友当选两院院士（安静娴、于德泉、张礼和、刘昌孝、黄璐琦），1955届校友屠呦呦荣获诺贝尔生理学或医学奖，是国内首位诺奖科学家。学院教师中另有国家“973”等重大项目首席8人；国家级突出贡献专家5人；基金委创新群体和教育部创新团队5个；全国优秀教师1名，北京市教学名师3名，北京市优秀教师8名。40余位专家在药学领域国内外知名期刊担任主编/副主编，在药学类学术组织任常务理事/主任委员等职；在国家/省市相关部门作为智库专家，参与国家政策/法律法规咨询研究及标准技术和指南规范的编制。
学院在校学生1147人，其中博士研究生328人、硕士研究生313人，六年制本硕连读本科阶段学生506人。本科生生源90％以上来自各省市高考成绩前500名甚至200名；研究生生源80％以上来自双一流高校。在全国率先试点并完成首届Pharm.D专业学位培养。2021年药学专业入选“基础学科拔尖计划2.0基地”，获批“药学创新班”项目，从2020级本科生开始实行。学院不断推进教学改革、优化课程体系、实行小班教学，近年来获国家级教学成果二等奖1项、北京市教学成果一等奖2项、北京市教学成果二等奖2项，国家级精品课程1项、国家级精品资源共享课1项，教育部优秀教材奖2项、北京市精品教材5项。2020年《药物化学》获得“国家级线下一流本科课程”荣誉称号。
学院着力探索新药研发原创性理论、方法和策略，作为第一完成单位五次获得国家自然科学和国家科技进步二等奖，三次入选中国科学十大进展及中国医学十大进展。在病毒疫苗、药物合成新方法、大分子药物精准修饰、药物递送系统等领域连续取得国际顶尖原创性成果，在Science、Nature、Nature Biotechnology等杂志连续发表高水平学术论文。近5年承担纵向科研项目520余项，获批经费5.87亿元。
学院秉承“立足基础、面向国际前沿和国家需求”的光荣传统，长期支援西藏大学、新疆石河子大学，联合培养学科带头人，实现国家级重点项目新突破。