空军第九八六医院是以原323、451两所三甲医院为基础，纳入13个派驻门诊部（点），于2018年9月正式组建，隶属空军军医大学，受西京医院管理。2021年1月对外挂牌西京医院九八六医院，是目前空军****一所中心医院，也是全军展开体量**的中心医院。医院集医疗、教学、科研、保障于一体，积淀深厚、特色鲜明，开设门诊楼3个、住院部4个，核定床位1300张，展开科室（单元）58个，现有副高职称以上155人，博士51人、硕士198人，医务人员2000余人。
医院现分南、北两区，南区为原323医院驻地，位于西安市碑林区建设西路；北区为原451医院驻地，位于西安市碑林区友谊东路。医院秦汉新院区正在建设中，2026年初将配属空军军医大学搬迁，正式投入运行。
转隶组建以来，在空军军医大学和西京医院的坚强领导下，紧盯备战打仗主责主业，秉持“忠诚勇毅、精医胜战”医院精神，以忠诚为****品格，以勇毅为行为准则，博学勤钻、锐意创新，把保障打赢作为一切工作的出发点和落脚点，坚定融合强院发展战略，北区突出战创伤救治强综合，南区突出服务保障强特色，现已形成战创伤、心脑血管、结石病三大优势学科群，军诊、体检、血透、口腔、训练康复、肛肠、肿瘤联合诊疗七大特色中心。西京、唐都、口腔100多名专家固定来院出诊。成功实施世界首例前臂毁损断肢异位寄养后全形组合回植重建术、国内首例二尖瓣钳夹术、神经外科导航机器人辅助下孤立颞角-额角脑室转流术、踝关节全距骨假体置换术、经皮肺动脉去神经术等首创首例手术。liwen术式、充气式纵膈镜食管癌切除术、腹腔镜下高位子宫骶韧带悬吊术、内镜下保胆(囊)取石术等特色医疗技术常态化开展。现有空军高层次科技人才3人，陕西省科技新星1人，空军军医大学雏鹰计划1人，104人担任全国、全军和陕西省医疗专业委员会学术职务。荣获空军“六无”达标先进单位、空军后勤工作先进单位、空军军医大学先进团级党委、陕西省拥政爱民模范单位、西安市拥政爱民模范单位等多项荣誉，获批国科金面上项目2项，军队面上项目5项，荣获陕西省科技进步二等奖1项，陕西高等学校科学技术研究优秀成果二等奖1项、三等奖2项，发表SCI论文62篇，举办各类学术活动176场。同时改善科研教学条件，开设“科研门诊”，建立“科研导师制”，首批聘任7名院外知名专家教授，培塑扩充教师队伍，重点人才“一人一策”订制培养，加大科研教学提升助推力度，为青年学者从事教学科研保驾护航。
