医院成立于2001年6月6日，是眼科三级专科医院（分为台江和仓山两个院区），冠名福州东南眼科红十字医院，福州市医学会眼科学分会单位，国家住院医师规培基地，福建省眼镜协会验光配镜技术培训和鉴定基地，高校教学医院，与福建省卫生技术学院联合开办眼视光专业、闽江学院开展校企合作--共同建设物联网医院，分别是全国眼视光联盟理事单位、上海市第九医院专科联盟和福州市第.一医院医疗联合体成员单位；分别是国家重大公共卫生项目“百万贫困白内障患者复明工程”、福建省委省政府为民办实事“光明行动”项目、福建省红十字光明天使行动和福州市慈善定点医院，福建省见义勇为人员眼科救治中心，福建省视觉障碍康复中心，省、市两级科普教育基地，福州市低视力康复部，福州市青少年学生第二课堂，福州科技馆眼健康分馆，仓山区和台江区儿童青少年近视防控中心单位。至2018年底，医院共为399万眼病患者提供专业的诊疗服务，完成各类眼病手术39万台；共深入农村、社区、学校开展义诊普查超过4750场次，多次参与西藏、宁夏、甘肃、新疆、台湾马祖等地区的眼科支援工作，开展“一带一路·缅甸仰光光明行”国际援助，为超过65万名群众免费检查眼病，免费发放眼病防治科普资料300多万份；帮助25513名贫困白内障、胬肉等眼病患者实施复明扶贫手术；被中华医学会眼科学分会授予“全国消除白内障突出贡献奖单位”，在2017年、2018年分别完成白内障手术13408例、16635例。
医院设有白内障超声乳化、全飞秒激光治疗近视、青光眼、角膜病、眼底病、眼外伤、玻璃体视网膜病、葡萄膜病、神经眼科、眼遗传病、眼整形、眼眶病、眼眶肿瘤、泪器病、眼表疾病、斜视弱视、小儿眼科、医学验光配镜、中医眼科、低视力康复、眼健康管理、眼部整形等20多个专业组，开展各种眼科技术和微创治疗。其中，在三焦点屈光白内障、三焦点老视矫正、全飞秒激光治疗近视、微小切口超声乳化治疗白内障、微创玻璃体切割手术治疗眼外伤和玻璃体视网膜病、眼视光学医学验光配镜等多项技术具有独特优势，具有眼科专业精细化、医生专业化、设备现代化、服务人性化、管理科学化的专科特色。
医院凝聚了一批致力于眼科事业发展的人才队伍，现有员工500余人，其中眼科专家和眼科医师近150人（高.级职称占约40％），已形成老中青相结合的梯队型眼科专业人才优势，并定期邀请国内外眼科专家来院讲学、会诊、学术研讨，主编《中华眼科学.神经眼科学分卷》，参编全国高校五年制、七年制、八年制《眼科学》教材，获得国家科技进步二等奖一项。医院本着“以医疗质量为生命，尽心、尽责、尽力；以患者需求为中心，真诚、热情、关爱”的理念，实现自身的追求、责任和使命。拥有世界先进的眼科诊断和治疗设备，构成强有力的硬件技术保障。
医院环境优雅、设施完备、装备精良、专业齐全，是集眼科临床、教学、科研、防盲、近视防控和科普为一体的大型眼科专科医院。医院占地面积近50亩，医疗建筑面积近5万平方米，设置床位300张（二期将建设9万平方米医疗用房，增加床位600张），配备15间层流净化手术室，300多个停车泊位。
近几年，医院为了将三级眼科的优质技术资源延伸到基层，在全省成立眼健康促进联盟；在福安、福清、三明、连江、南平、漳州、泉州、南京、抚州、武汉、合肥等地开设了东南眼科连锁医疗机构，实行集团化运营和管理，让广大人民群众在家门口分享到东南眼科的精准、优质、便捷、个性化的眼科专业诊疗服务。今后，医院将继续秉持“为大众提供可及的、专业的眼科医疗服务”宗旨，以“扫除盲患播撒光明”为使命，“以科技缔结光明”的经营哲学，珍惜每一位患者，积极投身眼科医疗健康事业，助力健康中国。
