敦煌藏医医院是一所集医疗、预防、康复、保健及社区卫生服务为一体的非营利性、二级民族医院，实行全国异地就医医保结算报销、酒泉地区各县市城镇职工、城乡居民及青海油田城镇职工医保定点医院，门诊慢性疾病、特殊疾病医保报销定点医院。医院健康体检科承担各类健康人群体检，是职业病、机动车驾驶员体检指定医院。
医院始终坚持“继承、创新、仁爱、奉献”的发展理念，弘扬“敬佑生命，救死扶伤，甘于奉献，大爱无疆”的崇高精神，传承精华，守正创新，突出藏医特色，发挥藏医药优势，以科学的管理方法、良好的职业道德、精湛的医术、优质的服务赢得广大患者和社会的赞誉和信赖。
2014年1月，敦煌市藏医专科医院挂牌成立，医院仅开展了藏医药浴科、中医科、医学检验、医学影像科。
2015年9月，为了谋求医院更高更好的发展，中天建业公司实行董事长领导下院长负责制，院长换届，坚持“依法办院、依规治院”的管理理念。初期仅有的四个学科发展到如今的内科、外科、妇科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、中医科、藏医药浴科、藏医外治科、治未病科、门诊部、体检科、医学影像科、医学检验科、功能科、药剂科、病案室等12个临床和6个医技科室。医院床位从30张发展至如今的82张，从仅能完成基础检查项目的十余台设备发展到如今拥有大型医疗设备螺旋CT、四维彩超、电子胃肠镜等70余台各种检查设备，满足了临床的需求。
2018年3月，时代阳光健康体检中心成立。
2021年9月，医院通过二级医院等级评审。
2022年5月，医院成为甘肃中医药大学藏医学院实习医院。
2023年6月，医院成为西安国际医学中心医院合作医院。
2023年8月，医院眼科视光中心成立。
2023年9月，甘南州碌曲县藏医院敦煌分院在我院挂牌。
2023年3月荣获“敦煌卫生健康事业高质量发展先进集体
医院曾荣获多项荣誉，医院医疗技术水平快速提高，社会服务能力显著增强，多次受到上级部门的高度评价，
2019年3月被沙州镇政府荣立“优 秀志愿者服务队”；
2020年1月荣获“敦煌市十佳民营医疗机构”，9月被酒泉市委宣传部、统战部荣立“全市民族团结进步示范单位”；
2021年3月荣获“敦煌市卫生健康工作先进集体”，同年9月医院通过二级医院等级评审；
2022年5月，医院成为甘肃中医药大学藏医学院实习医院；
2023年3月荣获“敦煌卫生健康事业高质量发展先进集体”，6月医院成为西安国际医学中心医院合作医院，8月医院眼科视光中心成立，9月甘南州碌曲县藏医院敦煌分院在我院挂牌；
2020年9月至2023年10月，甘肃省卫健委开展全省社会办医院考核工作以来，我院连续四年考评获得“优 秀”。
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