深圳出入境边防检查总站医院始建于1985年，前身为解放军199医院、广东省公安边防总队医院、公安边防部队总医院，2019年1月随公安边防部队改革集体转隶为深圳出入境边防检查总站医院，正处级事业单位，现归由国家移民管理局直接管辖。医院医疗业务实行属地管理模式，接受深圳市卫生健康委员会监督检查指导，是深圳市120急救网络医院和市社保局医疗、工伤、少儿保险定点单位。
医院位于深圳市罗湖区金湖路8号，占地面积52,933.62平方米，设置编制床位451张，设置医、药、技共17个科室30余个专业，拥有PET-CT、直线加速器、GE超导核磁共振、GE数字乳腺机、高清手术显微镜、超声内镜、高压氧舱等设备。医院是深圳市最早开展PET-CT(目前已检査10万余人次)、核磁共振、肿瘤放疗诊疗项目的医院之一，断指（趾）再植及成活率均位于深圳市前列。
多年来，医院全体工作人员无私奉献、主动作为，在承担移民管理机构医疗保障及服务地方人民群众的基础上，曾出色完成粤北冰灾、抗击甲流、海外维和、抗震救灾等突发事件的医疗救援，2020年初更是组建了深圳市唯/一一支单独成建制的医疗队远赴湖北荆州，参与成功救治当地最危重的新冠病人，赢得了广泛的赞誉与尊敬。医院连续多年被评为深圳市一级（A级）医疗服务质量单位、医保AA级医院。2007年被公安部授予集体二等功；2008年被全国双拥工作领导小组、国家民政部、解放军总政治部联合授予“全国拥政爱民先进集体”称号；2021年被公安部授予集体二等功。
