惠州市中医医院始建于1965年，由惠阳地区中医院发展而来，是惠州地区唯一一家三级甲等中医医院，是一所集医疗、教学、科研、康复等功能为一体的具有中医特色和中西医结合优势的综合性中医医院。是我省首批两个国家重点中医院建设单位之一、广东省普通高等医学院校教学医院、广州中医药大学教学医院、广东省中医院协作医院、南方医科大学附属惠州中医医院、国家中医住院医师规范化培训基地、广州中医药大学二级研究生培养基地、广东省联合培养研究生教育示范基地。获评“全国中医药系统2018-2020年改善医疗服务先进典型”。
2019年8月，惠州市人民政府与广州中医药大学签订《共建广州中医药大学惠州医院合作协议》，医院参照广州中医药大学直属附属医院的要求和标准运营和管理。合作共建的模式开启了医院发展史上谋新篇、开新局的新征程。2022年4月，正式纳入国家中医特色重点医院项目储备库（发改办社会【2022】364号）。
医院为“一院两区”运营，即东江新城院区和菱湖院区，占地面积共8.2万平方米，建筑面积8万平方米，编制床位800张。东江新城院区占地面积5.9万平方米，建筑面积5.5万平方米，设住院病床500张，2014年4月正式启动运营。二期工程建设为新建1栋地上18层、地下2层的综合住院大楼，建筑面积60846㎡，设置床位500张；项目建成后医院总建筑面积为11.76万㎡，编制床位数达1300张，计划2025年完工。
拥有省级中医重点专科7个，省中医重点专科培育项目3个，市级中医重点专科10个，市中医重点专科培育项目7个，是广东省博士工作站。惠州市中药制剂示范中心设在本院，拥有31个中药制剂品种。省级中医重点专科：骨伤科、内分泌科、脑病科、心血管科、中医妇科、脾胃病科、针灸科，市级中医重点专科，省级重点专科培育项目：肿瘤内科、肺病科、儿科。市级重点专科：肿瘤内科、肺病科、儿科、针灸科、内分泌科、骨伤科、妇产科、心病科、脑病科、脾胃病科，市级重点专科培育项目：外科、中医护理、肛肠科、重症医学科、康复医学科、急诊医学科、麻醉科。
现有在职干部职工1085人，其中高级职称142人，硕士研究生以上学历134人，拥有省级名中医3人、市级名（中）医10人、省杰出青年医学人才5人、国医大师吕景山出师弟子4人，雷忠义国医大师弟子3人。有国医大师等各级名中医传承工作室14间。2020年引进广州中医药大学10个高水平专家团队，2021年柔性引进了中国工程院刘良院士团队、雷忠义国医大师团队。
作为惠州市中医药事业发展的“龙头”，中医名家汇集的主要阵地，医院始终坚持“中医为本、惠泽百姓”的宗旨、秉承“崇德笃学 敬业济世”的院训，传承中医药文化，弘扬国粹精神，服务于惠州和岭南地区百姓健康，在粤东地区享有盛誉。