南宁市疾病预防控制中心（加挂南宁市食品安全风险监测与检验检测中心、南宁市健康教育所、南宁市结核病防治所、南宁市预防医学研究所、南宁市卫生检测检验中心5块牌子）是在原南宁市卫生防疫站、南宁市结核病防治所、南宁市医学情报所、南宁市健康教育所的基础上，于2002年7月组建的副处级公益一类事业单位。负责南宁市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与促进、技术管理与应用研究指导。中心《传染病防治学科》为南宁市重点学科，《食品安全与检测》为南宁市重点实验室。同时是华中科技大学同济医学院、广西医科大学、桂林医学院、右江民族医学院的教学基地。
中心内设科室22个，核定编制数为259人，截至2020年5月，实际在岗职工人数为297人（含编制外职工71人），其中专业技术人员为258人，研究生以上学历78人，其中博士学位2人（硕士以上学历占25％），高级职称64人（高级职称占28％），中级88人。南宁市拔尖技术人才累计3人，南宁市优秀青年技术人才8人，南宁市新世纪学术和技术带头人培养人选12人。
中心2012年搬迁至新址南宁市厢竹大道55号，占地面积35亩。现有综合办公楼、门诊培训楼、理化检验楼和微生物检验楼、综合保障大楼等5栋业务用房，建筑面积21000平方米，其中实验室用房约7500平方米。拥有三重四级杆气（液）相质质谱仪、气相色谱串联质谱仪、ABI实时荧光定量PCR仪、全自动生化仪等实验室大型仪器设备，共价值7000余万元。其中万元以上设备400多台，100万元以上设备10多台。配备价值220万元的移动医疗体检车、250万移动病原微生物检测车。具有CNAS认可、CMA资质认定、CMAF资质认定等18项资质，检测结果全球70多个国家互认，具备服务“一带一路”的检测能力。是全广西首家能够开展饮用水全分析（106项）的地市级疾控中心。
2017年以来，共获各级科研课题立项37项，其中广西自然科学基金青年科学基金项目2项，南宁市科技计划项目4项，广西区卫健委自筹课题31项。荣获南宁市科学技术进步奖二等奖1项，广西医药卫生适宜技术推广奖二等奖2项、三等奖2项，学术论文发表129篇，其中SCI?3篇，中文核心32篇，科技核心56篇，获南宁市自然科学优秀论文二等奖1篇、三等奖7篇。