2006年4月在上海交通大学创建“系统生物医学一类重大科技创新平台”的背景下系统生物医学研究院正式成立。研究院集生物、医学、理化、工程、数学、信息等多学科交叉于一体，围绕国家重大医学需求，以系统生物学研究策略和方法为基础，大力推动基础研究与临床医学相结合的转化医学和精准医学研究，促进相关疾病的新型预防、诊断和治疗技术，以及药物的创新性研究，力争为人类医学向后基因组时代的预测、预防、个体化和参与性（4P）医学转变做出重要贡献。
上海交通大学系统生物医学研究院位于上海交大闵行校区，拥有近20000平米的独立研究大楼，建设有完善的基因组、蛋白质组和代谢组学平台；特色的蛋白芯片、单细胞分析、高通量药物筛选、显微成像、化学合成、病理模型等技术平台，以及信息分析与整合平台，重点从事肿瘤、代谢及神经性疾病的发病机制、诊断、治疗与预防研究，以及中草药、药物筛选与靶向作用机制研究，积极推动我国系统生物医学交叉学科体系建立与发展。2009年以研究院为主要依托单位的系统生物医学教育部重点实验室通过教育部验收，同时研究院是“系统生物医学国家级国际联合研究中心”“转化医学创新引智基地”（即111计划）“转化医学国家重大基础设施”的参与建设单位。2017年，在教育部第四轮学科评估中与上海交大生命学院共同完成生物学评估获得A+。
截止2018年9月，全院教职工72人，科研人员41人（占比57％），全职研究团队16个。培养有在站博士后11人，在读研究生90人。2017年至今，发表SCI论文127篇，其中第一作者单位论文48篇，包括Science，Cell，NucleicAcidsResearch，NatureCommunication，MolecularCell，Gut，MassSpectrometryReviews，MCP等国际一流期刊，高被引文章4篇；新承担国家重大专项、国家重点研发计划、国家自然基金重点和面上等纵向项目40余项，累计科研经费3300万元，人均科研经费近80万元；获教育部自然科学一等奖1项；授权发明专利16项，含海外授权专利1项，2项专利和1项技术实现转移转化。
系统生物医学研究院自2006年建院以来，全院师生始终秉持“东西兼蓄、拓新达济”的院训精神，不忘初心，牢记为推动人类医学健康做贡献的建院宗旨，团结一心、踏实拼搏，为早日建成国内一流、国际领先的研究院而努力奋斗！