昆明市第二人民医院始建于1952年5月，由原云南军区组建，时名“云南省第二医院”。1952年11月交由云南省卫生厅管理，命名为“云南省慢性病疗养院”，1954年更名为“云南康复医院”；1960年交由昆明市卫生局管理，更名为“昆明市第二人民医院”，1986年云南省卫生厅再次批复“云南康复医院”为第二名称，1995年被评为“三级乙等综合医院”，2015年通过“三级乙等综合医院”复审，2020年创建成为三级甲等老年病专科医院。经过71年的努力，现已发展成为以老年医学和康复医学为优势的集医疗、教学、科研、预防、保健等为一体的三级甲等医院，是昆明学院非直属附属医院，昆明医科大学、云南中医学院等10余所医学院校的教学、实习医院，中国老年医院联盟2022年统计数据显示老年医疗诊疗量全国排名第四位、CMI全国排名第六位，位居中国老年病医院先进行列。
昆明市第二人民医院是我省唯一一家三级甲等老年病专科医院，是中国老年医院联盟副理事长单位、中国老年学与老年医学会常务理事单位、中国老年保健医学研究会老龄健康服务与标准化分会常委单位、中国老年医学学会老年医疗机构管理分会委员单位；中国老年医学学会感染管理质量控制分会委员单位、西部老年医学中心联盟常委单位、云南省医院协会老年病科管理专业委员会副主任委员单位、云南省医学会老年医学分会第9届委员会委员常委单位、云南省医师协会营养医师分会常委单位。
医院现有在职职工1000人（正高级职称30人、副高级职称105人，硕士研究生导师10人，开放床位1200张，临床科室35个，医技科室6个，职能科室16个。昆明市第二人民医院是全国第一批老年友善医院、老年医学人才培训示范基地；云南省第一批助理全科医生培训基地，云南省护工培训基地，老年专科护士临床实践基地，与昆明学院合建康复医学人才培养医教协同示范基地；昆明市0-6岁残障儿童抢救性康复机构。目前医院有省级临床重点专科4个，市级临床重点专科2个；昆明市卫生科技人才培养“十百千”工程百工程省内知名专家10名、学科带头人5名、后备人选55名，技术中心15个；在建院级专家工作站8个。医院目前科研立项在研项目68项。2023年度获批继续医学教育项目88项，其中国家级9项，省级27项，市级52项。于2016年筹办成立了“昆明市医养协会”，现有近100家会员单位。
昆明市第二人民医院老年医学科是云南省省级重点专科，昆明市第一至第四周期、第六周期重点专科，内设昆明市老年病研究所，参与“国家老年疾病临床医学研究中心”协同研究网络成员单位、“国家级心血管病中心高血压专病医联体”、“国家心血管病中心心力衰竭专病医联体”建设单位，是“昆明市老年病治疗技术中心”、“昆明市老年综合评估技术中心”、“昆明市创面修复技术中心”、“昆明市老年营养治疗医学技术中心”和“昆明市老年共病多学科团队诊疗医学技术中心”的依托科室。在发展老年医学广度基础上，向老年医学深度拓展，设置了老年心血管、老年危重症、老年呼吸与危重症、老年认知障碍和老年精神障碍、老年内分泌、老年营养，老年神经、老年护理、老年慢性创面修复、老年康复十个亚科（业），为老年患者提供全程、连续、整体一站式医疗服务。
康复医学科为省级临床重点专科省院共建项目，康复医学科开放床位63张，工作人员55人，目前全院3个院区每天康复人数达400多人。医院不断加大对康复医学科的政策及资金支持，加强学科建设，大力发展老年康复，加强康复医疗从业人员培训、提高康复医疗学科能力、推动康复医疗与临床多学科合作模式，强化康复早期介入、推动加速康复外科，目前已形成神经康复、骨科康复、心肺康复、骨关节疼痛康复等亚专业。康复医学科在卒中康复神经调控技术中特色凸显，超声引导下的外周神经电刺激技术目前开展超500人次，效果良好，提高卒中偏瘫患者上肢功能，最大程度提高患者日常生活自理能力，目前该项技术属于国内先进，省内领先，获云南省卫生科技进步三等奖。
老年微创骨科是昆明市第二人民医院医疗特色，医院有昆明市老年骨关节病诊疗技术中心、昆明市老年髋部骨折微创治疗技术中心和昆明市老年麻醉技术中心，为老年患者外科疾病的诊疗提供了有力的支持和保障。
昆明市第二人民医院新院建设项目（一期）建设选址位于昆明市盘龙区北京路延长线，项目用地57.9亩，建筑面积15.5万平方米，设置床位800张，拟于2024年7月30日竣工。
昆明市第二人民医院以“一切为病人健康服务”为宗旨，“敬人敬业、至精至诚”为院训，“团结奋进、精医济民、开放包容、敢于担当”为精神，“服务好、质量好、医德好、群众满意”为办院理念，始终坚持“公立医院的公益性，为全市老年人提供专业优质的诊疗服务；也将以三级甲等老年病专科医院为平台，推动全省老年医学标准化、规范化的高质量发展。