学校成立于1960年，前身是1953年成立的昆明中医进修学校，1960年云南中医学院正式挂牌成立，1986年获硕士学位授予权，2016年成为云南省人民政府与国家中医药管理局共建高校，2018年成为博士学位授予单位，同年更名为云南中医药大学，是国家中医药临床研究基地、国家中医药服务出口基地、国家中医药国际合作基地、国家中医药传承创新中心培育单位、国家中医临床教学培训示范中心、国家药物临床试验机构。学校秉承“崇德和合、博学敦行”的校训精神，已发展成为以中医药为主体、民族医药为特色，以本科教育为基础，研究生教育规模不断扩大，继续教育和对外教育呈现良好态势，医、理、工、管多学科协调发展的综合性中医药院校。
学校现有呈贡和白塔（含和平村）两个校区，总占地面积778.78亩，总建筑面积33.42万平方米。
在校生与毕业生概况：学校现有全日制学生1.5万余人。其中，本科生1.3万余人，硕士研究生2275人，博士研究生32人，留学生181人。60余年来，培养了近8.9万余名中医药专门人才。中国工程院院士朱兆云是学校78级中药学专业毕业生。
学科专业水平不断提高：学校现有有11个学院、2个公共课教学部。学校目前在建国家中管局高水平中医药学科5个、14个省级重点学科，1个中医学一级学科博士学位授权点，4个一级学科硕士学位授权点，5个硕士专业学位授权点；云南省立项建设博士学位授权点4个、硕士学位授权点4个。25个本科专业中，4个国家一流专业建设点，12个省级一流专业建设点，5门国家级一流本科课程，25门省级一流本科课程。有直属附属医院2所，非直属附属医院13所。
人才队伍建设成效显著：学校现有在职在编教职工841人，其中博士人数247人，占比例29.37％，硕士人数450人，占比例53.51％。正高级职称118人，占比14.03％，副高级职称283人，占比为33.65％。学校有博士研究生导师31人，享受国务院政府特殊津贴专家8人，国家有突出贡献优秀专业技术人员1人，全国名中医2人，岐黄学者1人，全国青年岐黄学者2人，教育部新世纪优秀人才支持计划入选者1人，全国中医药高校教学名师1人等国家级人才17人次，省部级330人次。
科研实力持续提升：学校聚焦民族医药、滇南医药、南药研究三大科研集群，拥有国家级及省级科研平台21个，其中国家中医临床研究基地1个，国家中医药管理局中医药科研三级实验室2个。推进校政、校校、校地、校企合作，打造“保健品化妆品第三方检测、临床药理评价研究、健康产品研发、中医药知识产权战略运营中心”四大平台。是云南省中医药政策研究中心，中国中医科学院中医药数据中心云南分中心，云南省民族医药保护与产业发展研究基地。
民族医药特色鲜明：以民族医药学科群为优势，以民族医药教育和科学研究为重点，2011年5月成立了民族医药学院，联合培养了全国第一个傣医学和彝医学博士。学校建有云南省中医药民族医药博物馆，是国家中医药文化宣传教育基地、云南省科普教育基地。拥有云南省唯一一个民族医药类重点实验室—云南省傣医药与彝医药重点实验。有省重点学科“民族医学”和2个国家中管局重点学科（傣医学和傣药学）。傣医学专业现为省一流专业建设点，目前已构建了我国唯一的傣医学本科、硕士、博士人才培养体系，出版《云南民族医药大辞典》及傣医药、东巴医药等本土教材专著40余部。
国际交流合作不断深化：早在1990年，学校就代表中国与西班牙实现政府间合作办学，建立了“加泰罗尼亚－云南中医学院”，开创了中国中医药领域海外办学的先河，被载入全国中医药高等教育60年史册。学校成立“澜沧江—湄公河传统医药学院”，面向澜湄区域持续开展国际传统医药人才培养。发起并连续主办10届“大湄公河次区域传统医药论坛”和3届“澜沧江—湄公河传统医药学术交流会”，已成为南亚东南亚区域有影响力的国际传统医药教育交流合作平台。学校先后获批“中国－缅甸”和“中国—老挝”2个国家级海外中医药中心。并建有世界唯一的中医西学博物馆，国家汉办“孔子学院总部国际（西学）中医文化推广研究基地”，连续举办10届中医西学国际论坛，牵头成立世界中医药学会联合会中医人类学专业委员会。
欣逢盛世，中医药迎来了天时、地利、人和的大好发展时机。2022年11月召开的云南中医药大学第一次党代会，分析了当前发展形势，系统谋划学校未来的发展目标，凝聚全校师生的共同意志形成了“1221”战略部署：走一条特色发展之路，实施学术兴校、人才强校两大战略，围绕“全面提升在云南经济社会发展中的贡献度、迈进西部高等中医药院校先进行列”两个目标，开创一个团结奋斗的崭新局面。