建筑面积7500平方米，核定床位100张。临床科室设置有体检中心、内科（内科病区）、中医内科、口腔科、外科、肛肠科、骨伤科、五官科、皮肤科、预防保健科、妇科、放射科、检验科、手术室等专科以及老干部病区。2005年增挂和平桥第二社区卫生服务中心，进一步承担社区居民的医疗和社区公共卫生服务工作。南通市口腔医院成立于1988年，建筑面积1.6万平方米，按三级口腔医院标准建设，设有椅位120张、床位50张，是南通地区一所口腔专科医院，中华口腔医学会理事成员单位、江苏省口腔医学会副会长单位、南通市医学会口腔医学分会主任委员单位，南通市口腔医疗质量控制中心，南京医科大学教学医院、南通大学教学医院、苏州卫生职业技术学院教学医院、国家住院医师规范化培训基地，国家口腔疾病临床医学研究中心核心单位、上海第九人民医院集团牙颌面畸形诊治专科联盟成员、上海九院正畸博士团队南通技术交流中心，鼾症与睡眠呼吸障碍诊疗中心、南通市基本医疗保险定点单位、南通市口腔卫生干预项目指定医院。
医院集医疗、预防、教学、科研为一体，承担着南通市及周边地区广大居民口腔疾病临床诊疗和预防保健任务。临床科室设置齐全，拥有口腔专业一级学科八个，口腔内科、口腔颌面外科、口腔修复科、口腔种植科、口腔正畸科、口腔预防保健科、急诊综合科、麻醉科（口腔舒适化诊疗中心）；二级学科四个，牙体牙髓病科、牙周病科、粘膜病科、儿童口腔科；医技科室五个。口腔正畸科、牙周病科、牙体牙髓病科是南通市临床重点专科。
