南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院，江苏省红十字眼科医院，三级甲等眼科医院，国家临床重点专科，国家药物临床试验机构（GCP），南京医科大学硕士生培养基地、博士生培养点，南京医科大学眼视光学系，南京市博士后创新实践基地，江苏省眼科医疗质量控制中心、南京市眼科医疗质量控制中心挂靠单位。有汉中路院区和六合院区两个院区，床位数250余张，面积21000多平方米，职工300多人。白内障科为江苏省临床重点专科，眼底病科为南京市重点专科，是一所集临床、 教学、科研具有一定影响力的现代眼科专科医院。
医院隶属于南京医科大学第四临床医学院，是在原中日友好南京眼科医院的基础上创建的。
医院是国家级住院医师规范化培训协同基地、江苏省基层特色科室眼科孵化中心项目单位 、南京市眼科专科护士培训基地、江苏省和南京市近视防控专家组单位、江苏省儿童青少年近视防控研究中心、江苏省大数据临床应用示范中心近视防控大数据应用建设单位、江苏省验光配镜从业人员实训考核基地，江苏省中小学生眼保健教育示范基地，中国中西医结合学会眼科专业委员会眼视光协作组组长单位，拥有中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室、南京医科大学眼视光学和视觉科学重点实验室，南京市眼科医学重点专科，南京医科大学眼科学（眼视光学）校级重点学科。是一所集医疗、教学、科研于一体，具有一定影响力的非营利性眼科专科医院，2018年，中国医院科技量值眼科全国排名25位，江苏居首。
1994年在江苏省卫生厅、南京医科大学及其一附院的关心下，在日本名古屋NAGALION俱乐部、眼科专家安藤文隆博士、邱信男院长、杉田院长等友人的共同支持下，诞生了江苏省合作性眼科专科医院——中日友好南京眼科医院（江苏省人民医院眼科分院）。医院建院以来先后开展了视网膜玻璃体手术、白内障超声乳化人工晶体植入术、飞秒激光白内障超声乳化人工晶体植入术、飞秒激光近视矫正、深板层角膜移植术、眼前段再造术、难治性眼外伤手术（包括眼内非磁性异物取出术及联合角膜移植人工晶体植入视网膜玻璃体手术）、非穿透滤过手术等一系列现代显微眼科手术，至今仍然代表着眼科临床复杂的手术技能，为江苏省眼科手术水平的提高，作出了贡献。
2004年10月，南京医科大学眼科医院创建。医院依托南京医科大学的资源，坚持“人才兴院”、“科技兴院”的方针，积极引进眼科人才队伍。目前，医院拥有副教授（副主任医师）以上28人，其中教授（主任医师）16人，副教授（副主任医师）14人，博士9人，博士生导师4人，硕士生导师11人，建立了一支勇于探索，一心为民的眼科人才队伍。
医院注重教学、科研工作与临床工作齐头并进，充分发挥学科带头人作用，医院教学、科研工作取得了显著成绩， 每学年教学课时达1300学时，共为南京医科大学培养研究生58名，其中硕士生39名，博士19名。我院专家参与了多部国家级教材的编写，为国家级教材《眼科学》英文版副主编，国家级教材《眼科学》教材（供八年制使用）编委，国家级教材《医患沟通》编委，国家级教材《流行病学》第三版编委，参编英国发行通用教材《Handbook of nutrition，diet，and the eye》。主编《眼科主治医师手册》。
在科研方面，医院拥有400多平方米现代化眼科实验室，是南京医科大学重点实验室，主要从事眼科基础学研究。近年来，医院承担国家自然科学基金10项，参与国家“973”课题1项，江苏省自然科学基金（基础研究计划）项目4项，江苏省六大人才高峰项目1项，江苏省高校青蓝工程项目1项，江苏省高校自然科学基础研究项目2项，江苏省博士后基金2项，南京市各类项目15项。获得中国人民解放军科研成果一等奖1项，中华医学科技奖三等奖1项，江苏省医学科技进步奖4项，江苏省卫生厅科技进步奖、新技术引进奖一等奖各一项。
医院多次承办“金陵眼科论坛” 、“眼底病疑难病例讨论学习班”等全国性学术会议，不定期与国内外著名眼科机构进行学术交流。
共发表SCI论文58篇，总影响因子202.9，其中影响因子10分以上1篇，5分以上18篇，其中2015年在权威杂志《Circulation Research》上发表论文《LncRNA-MIAT regulates microvascular dysfunction by functioning as a competing endogenous RNA》影响因子为11.089，位列2015年医学领域中国作者发表的高被引研究论文第10名；在眼科基础研究的权威刊物 《IOVS》上发表论文《Aberrant expression of long non-coding RNAs in early diabetic retinopathy》，该论文被杂志评选为2014年度10佳论文之一。
医院眼科系国家临床重点专科、南京市医学重点专科，目前，医院设立有眼底病、眼外伤、白内障、青光眼、角膜病等十一个专业科室。开设了专家专病门诊，由著名专家担任学科专科带头人。医院在江苏省内制订了各类疾病的规范诊疗流程，如斜视弱视诊疗流程、青光眼诊疗流程、眼底病诊疗流程、白内障诊疗流、医学验光诊疗流程等，做到充分利用循证医学，使诊疗行为规范化，从而对一些容易忽视、误诊的眼科疾病做到早期发现、诊断和治疗。
医院拥有近百套眼科诊疗设备，包括蔡司VisuMax全飞秒激光、U视飞秒激光手术平台、达芬奇飞秒激光、EX500准分子激光近视治疗仪、爱尔康LenSx白内障飞秒激光超声乳化系统、YAG激光机、532眼底激光机、超声乳化仪（冷超乳）、玻璃体切割机、ZEISS手术显微镜等全套进口治疗设备以及OCT（光学相干断层扫描）、全套视觉电生理检查仪、视野检查仪、眼底照相及眼底荧光血管造影和脉络膜血管造影仪、附20Hz的新眼科专科A/B超、角膜地形图、IOL-master、全景200广角激光眼底照相机、博士伦MILLENNIUMTM 玻切/超声乳化仪、SOVEREIGN COMPACT超声乳化仪、Zeiss手术显微镜、角膜共焦显微镜、角膜内皮检查仪、干眼仪、视网膜厚度分析仪等一系列进口检查设备。
医院与美国哈佛大学、布朗大学、普鲁维顿斯大学、日本名古屋大学、杉田眼科病院等有着广泛的间学术交流。从2004年10月建立以来，已为江苏省及外省市30多万名眼科疑难病人以及外宾服务，赢得了良好的社会声誉。2006年底和2007年初，国家发改委综合改革司副司长连启华、国家医师协会会长殷大奎分别率员对医院进行考察，对医院规范管理、高水平治疗、亲情式服务给予高度评价。医院被南京市医保评为“AAA级诚信单位”，被南京市卫生局授予“全市医院管理年活动单位”，被江苏省人力资源和社会保障厅授予“江苏省省级公费医疗定点医院单位”，被江苏省物价局授予“江苏省价格诚信单位”，被江苏省卫生厅评为“江苏省平安医院”医院，党组织被鼓楼区委授予“基层党组织”。
为了回报各级政府和社会对医院的厚爱，医院参与了大量的公益活动。组织专家到南京社区举办预防眼病讲座，定期组织专家义诊，组织医疗队到乡镇免费为眼病患者诊疗等。2006年，在省残联、省红十字会、省卫生厅组织的“江苏博爱光明行动”中，医院承担了主要的医疗活动，免费为南京地区300多名生活困难的白内障患者进行了复明手术。2008年四川汶川大地震第2天，医院向灾区捐款30万元。2009年台湾同胞遭受自然灾害，医院在时间捐赠20万元现金。2010年4月青海玉树地震，医院捐赠10万元现金，2016年6月23日，江苏省盐城市阜宁、射阳等地遭受自然灾害，医院通过江苏省红十字会向盐城灾区捐款20万元。全体员工用自己的行动展示“人道、博爱、奉献”的精神。此外，医院每年免费为享受低保的白内障患者进行手术，几年来已治愈近千名患者。