绍兴市柯桥区疾病预防控制中心位于柯桥区兴越路1356号，其前身为绍兴县卫生防疫站，始建于1954年10月，2002年4月根据机构改革要求，撤销绍兴县卫生防疫站，新组建成立绍兴县疾病预防控制中心，2013年11月因行政区划调整更名为绍兴市柯桥区疾病预防控制中心。
绍兴市柯桥区疾病预防控制中心是政府实施疾病预防控制和公共卫生技术管理与服务职能的公益一类事业单位，主要承担疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处置、疾病与健康危害因素等公共卫生信息管理、健康危害因素监测与评价、实验室检测检验、健康促进与教育、疾病预防控制工作的业务和技术指导等职能，是全区疾病预防控制工作的业务技术指导中心、检验检测中心、科研培训中心和信息管理中心。此外，绍兴市柯桥区社区居民健康管理指导中心、绍兴市柯桥区公共卫生工作委员会精神卫生办公室、绍兴市柯桥区儿童窝沟封闭项目领导小组办公室、绍兴市柯桥区基本公共卫生服务项目管理办公室均设在本中心内，由相关业务科室组织开展工作。

中心内设职能科室和业务科室共8个，核定机构编制数88名。现有在编人员73人，均为专业技术人员，其中高级职称17人，硕士及以上学历（学位）8人，本科学历58人。

在区委、区政府的高度重视和省、市、区卫健部门的指导帮助下，中心一直以来注重“发现能力”和“处置能力”等核心能力建设，现具有“检验检测机构”、“食品检验机构“等资质。中心建有微生物二级生物安全实验室、洁净实验室、省级血吸虫病粪检实验室、艾滋病确证兼筛查中心实验室、PCR实验室等专业实验室。装备有气相色谱仪、液相色谱仪、离子色谱仪、石墨炉原子吸收仪、电感耦合等离子体质谱仪（ICP-MS）、全自动微生物生化鉴定仪、荧光定量PCR仪和自动核酸提取仪等仪器设备。中心指导组建并管理着覆盖全区的卫生应急和慢性病防控网络，是柯桥区“省级卫生应急工作示范区”、“省级慢性病综合防控示范区”的主要组织实施者。

中心是“绍兴市文明单位”，多年来，积极倡导“和谐、务实、创新、奉献”的单位精神，坚持“预防为主、防控结合”的工作方针，紧密围绕“防疾病，保平安，护发展”的工作中心，立足于公共卫生职能、强化重点疾病防控，通过在工作中不断探索、创新、总结、提高，管理体系进一步规范，新冠肺炎等新发突发传染病、艾滋病结核病等重大传染病防控成绩优秀，疾病监测和突发公共卫生事件应急体系建设更加完善，慢性非传染性疾病管理深入推进，健康教育与促进不断加强，微生物和理化毒理检测技术能力进一步提升。中心曾获得“全国疾病预防控制工作先进集体”、“中国糖尿病并发症研究项目先进集体”、“浙江省疾病预防控制工作先进集体”、“绍兴市抗击非典型肺炎先进集体”、“绍兴市抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“绍兴市抗‘疫’先进党组织”、“柯桥区专项奖励集体三等功”、“区级先进单位”、“柯桥区新时代先进基层党组织”等荣誉称号。