扬州市中医院始建于1978年，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、文化宣教于一体的国家三级甲等中医医院。先后获批为南京中医药大学附属医院、扬州大学临床中医学院，国家首批中医住院全科医师规范化培训基地，全国首批中医诊疗模式创新试点单位之一，长春中医药大学教学实践基地，大连医科大学研究生培养基地，江苏省中医药文化宣传教育基地，江苏省中医护理专业化护士培训基地，扬州市中医药适宜技术培训基地、扬州市肿瘤诊疗中心、扬州市颈肩腰腿痛一体化诊疗中心。
医院占地面积3.2万平方米，总建筑面积5.81万平方米，编制床位700张，实际开放床位588张。现有职工772名，拥有全国老中医药专家学术经验继承指导老师3名，全国优秀中医临床人才及培养对象2名，江苏省老中医药专家学术经验继承指导老师3名，江苏省优秀中医临床人才及培养对象4名，江苏省中医药领军人才1名，江苏省“333”工程培养对象3名，医学博士20名，在读博士10名，硕士156名，高级职称人员168名，研究生导师14名。全院中医药人员（含返聘）252人，中医175人，中药33人，其中，正高47人，副高47人，中级76人，初级82人，博士15人，在读9人，硕士94人，本科116人。
医院科室全面发展，拥有一级临床医技科室 45个，二级临床医技科室 30个，常年开放特色专病门诊 26 个。其中，肿瘤科是国家临床重点专科（中医）、国家中医药管理局重点专科、省中医药重点学科、扬州市“科教兴卫”工程医学重点学科；骨伤科、脑病科、脾胃病科是省级中医重点专科；肺病科、肾病科、泌尿外科、针灸科、心病科、耳鼻喉科是市级中医重点专科；普外科、超声医学科、医学检验科是市级临床重点专科；中医肺病学、针灸学、中医脾胃病学、中医脑病学为市级中医药重点学科，麻醉科和医学影像科是市级临床重点专科培育单位。“然”字门内科、“谦”字门儿科、“春”字门内科和“朱氏”针法为江苏省非物质文化遗产保护项目，“夏氏喉科”、“王氏伤科”、“卞氏眼科”为扬州市非物质文化遗产保护项目。 医院拥有256层超高端螺旋CT、64层螺旋CT、1.5T核磁共振、DSA、直线加速器、高档彩色多普勒、ECMO等大中型诊疗及急救设备300余台套。设立影像科、医学检验科、核医学科、病理科、超声诊断科等医技科室，常规开展检查检验和介入放疗等工作。
中药房常备中药饮片550种，诸多院内制剂来源于名老中医及专家的验方、秘方，现有批准文号的院内制剂45种，其中中药制剂28种，临床疗效显著。
医院拥有全国名老中医药专家传承工作室2个，江苏省名老中医药专家传承工作室5个，扬州市名师工作室8个，中医门派传承工作室12个，域外名医工作室18个，一批中医临床骨干拜师学艺，传承名老中医临床诊疗经验，为名医成长奠定基础。
随着医改工作的推进，由政府主导及尊重意愿相结合，以医院为龙头，成立拥有14家成员单位的扬州市中医院医疗联合体；牵头承办扬州市中医专科联盟，向医联体成员单位常年派出专家和管理人员，开展专家坐诊、手术坐诊、教学查房、业务培训、健康宣教、管理帮扶、科室共建、双向转诊等工作，提升基层医疗机构中医技术水平和服务能力，扩大中医药服务影响。