杭州市第三人民医院创建于1950年，其前身是解放军某部疗养队和浙江省人民政府卫生科、省府门诊所合并而成的浙江省卫生厅直属保健院。1995年，医院提出'以皮肤科为龙头，建设有专科特色综合性医院'的崭新的办院思路，调整医疗结构，拓展皮肤科、肛肠科、眼科等科室的专科、专病特色，加强内、外科基础建设，扩建制剂室，引进大型先进的现代医疗设备，并通过建造和购买医疗用房的形式加快医院基础工程建设，使医院发展迈上了快车道。
医院坐落于杭州市区东大门，是一家具有专科特色的市属综合性三级医院，为浙江大学医学院附属杭州市皮肤病医院、浙江中医药大学附属杭州第三医院和安徽医科大学杭州临床学院，荣获“全国文明单位”、“全国精神文明建设工作先进单位”、“全国百姓放心示范医院”、“浙江省文明单位”、“浙江省健康促进医院”、“浙江省级绿色医院”、“杭州市创建文明行业工作先进单位”、首届“我心目中的杭州品牌”等荣誉称号。2003年9月，通过公开竞标，杭州市首家慈善医院——杭州市惠民医院在医院挂牌成立。
近年来，医院坚持“贯彻落实新时期我国卫生与健康工作方针，坚持以人民健康为中心，以救死扶伤、防病治病、提高人民健康水平和促进医学事业发展”的宗旨，不断提高医疗质量，创新医疗服务，倡导人文关怀，努力为病人提供全程、全方位的优质服务。医院目前有在职职工1500余人，开放床位800张，医院为浙江省皮肤病临床诊治技术指导中心、浙江省中西医结合皮肤病研究中心、杭州市皮肤性病研究所、杭州市骨折愈合刺激素研究所、杭州市皮肤激光治疗中心、杭州市肛肠病诊疗中心、杭州市血管外科中心、杭州市泌尿外科微创诊疗中心、安徽医科大学和浙江中医药大学研究生培养基地。2017年被评为国家级住院医师规范化培训基地，建设有皮肤科、全科、内科、外科、神经内科、急诊科、麻醉科、超声科、放射科9个专业基地，拥有较为完整的教学体系，丰富的培训资源，累计培养住培医师147人。医院皮肤科为全国临床重点专科、浙江省医学重点学科，白癜风专病为国家中医药管理局重点专病；肛肠科为国家中医药管理局十二五重点专科、浙江省医学重点（扶植）学科、浙江省中医药管理局重点专科，神经内科、肿瘤科、泌尿外科、药剂科、老年病科为杭州市级医学重点学科。在杭州市新一轮的医学重点学科（2020-2024）评审中，皮肤病与性病学成为杭州市医学高峰学科，肛肠外科学、脑科学成为杭州市医学重点学科，药剂学成为杭州市医学重点培育学科。2022年，组建了白癜风医学研究中心、毛发医学研究中心、感染性皮肤病研究中心、皮肤病药物研发中心、皮肤激光美容中心、皮肤外科（整形）中心、中西医结合皮肤病诊治中心、危重皮肤病诊治中心、儿童皮肤病诊治中心、妇产皮肤病诊治中心等皮肤科高峰学科十大中心。

医院皮肤科门诊量连续10余年位列全国第二，2021年门诊量达135万。科室目前开设五个病区，设有床位160张，有医护人员近200人，其中博士20人，硕士91人。目前科室开展白癜风、性病、美容激光、银屑病、甲真菌病、皮肤整形、毛发病、黄褐斑等多个特色专科专病门诊;开展皮肤CT、皮肤镜、伍德氏灯等多种检查手段；有细胞培养、免疫、分子生物、皮肤病理、真菌和性病等六个实验室。2017年由我院皮肤科牵头，联合浙江省皮肤病防治研究所、丽水中医院、永康市第一人民医院、临安市人民医院等22家医疗单位，成立省级专科联盟——浙江省皮肤病专科联盟，逐步推进三院皮肤科学科技术资源下沉和共享。

73年的历史发展培育了三院独有的“团结、求实、创新、奉献”精神和与时俱进、开拓创新的作风。73年的历史发展集中体现了奋发图强、自强不息的执着追求；是勇为人先、敢于创新的搏击精神；是以人为本、人文关怀的博爱心怀；是团结求实、同舟共济的文化魅力。