巴楚县中医医院，原名巴楚县维吾尔医医院，成立于1984年10月，于2018年2月更为现名。是一所以中医、维医与西医相结合集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的综合性二级甲等中医医院。
巴楚县中医医院是上海市静安区中医医院对口帮扶、友好合作单位，每年有上海市静安区中医医院3名专家驻院开展援助工作。
巴楚县中医医院是乌苏市中医医院友好医院暨人才结对合作单位，是上海市第三康复医院“康复健康共同体”，医院康复科是上海市第三康复医院“上海市医学重点学科（合作单位）”，是上海市肺科医院、上海市中医医院外科联合**党支部党建共建合作单位，是爱医职业工程管理委员会医学科研共建单位，是中华中医药学会眼科协同创新共同体成员单位（巴楚县中医医院）。是新疆维吾尔自治区维吾尔医医院、喀什地区**人民医院、喀什地区第二人民医院、喀什地区维吾尔医医院医联体单位。
医院占地面积85亩（56695平方米），业务用房30000平方米，编制床位180张，实开床位470张。医院现有职工409人，其中正式职工177人，聘用职工232人，正高职称2人，副高职称11人，中级职称45人。
医院共设33个科室，包括临床科室：中医心脑血管病科、中医消化内分泌科、中医皮肤科、中医骨伤科、中医呼吸科、中医妇科、中医康复科、中医康复中心、中医治未病科，西医急诊科、西医内科、西医外科、西医产科、西医手麻科，以及中医科（老年病科）、发热门诊，所有科室均设普通门诊、专家门诊，另有口腔科门诊、五官科门诊；医技科室：检验科、功能科（含心电图、B超室）、放射科、器械科、药剂科（含煎药室、门诊药房、住院药房、急诊药房）；职能科室：党政办、医务科（科教科）、护理部、财务科、医保办、信息科、质控办、院感科、公共卫生科、项目办、总务科。
医院现有全国基层名老中医药专家传承工作室1个；康复科、康复中心、皮肤科、心内科、内分泌科、妇科、骨伤科、中医科（老年病科）、治未病科、煎药室等10个特色科室，其中，心脑血管专病专科、康复科、妇科为***重点专科培育项目、皮肤科、骨伤科为自治区重点专科；穴位贴敷、热盐包、推拿、针灸、拔罐、艾灸、蜡疗、盐碱床、中药熏洗、药浴、伏九贴敷、孜玛得疗法等20余项特色中医、维医诊疗项目；各种经典方剂30余种，院内制剂6大类约110个品种，中医适宜技术25种。
医院配备逾40台件诊疗设备，如CT、钼靶、DR、数字胃肠机、X光机、C型臂、自动血液细胞分析仪BC6800PLs、全自动生化分析仪Bs2000、全自动血凝仪Cs-200、全自动发光仪CL-12001、幽门螺旋杆菌检测仪YH04E、过敏试验检测仪BLOtray866、液基细胞的自动涂片机TKY-B6C、干式荧光免疫分析仪AFS2000A、尿沉查检测仪US-1680、全自动大便检测仪RUNWU-S580、全自动电解质分析仪、彩色多普勒超声诊断仪、12导联心电图、动态心电图、动态血压监测仪、乳腺扫描仪、骨质增生治疗仪、光电离子治疗仪、电脑中频药物导入治疗仪、电脑中频治疗仪、短波治疗仪、极超短波治疗机、多体位医用诊疗床、肌电生物反馈刺激仪、减重步态康复平台、电脑恒温电蜡疗仪、电脑中频治疗仪、经皮神经电刺激仪、神经肌肉低频电刺激仪、多关节主被动训练仪、经颅磁脑病生理治疗仪、空气波压力治疗仪、电针治疗仪、远红外理疗床、超声波治疗仪、颈腰椎治疗多功能牵引床、智能疼痛治疗仪等。
作为全县中医药、维吾尔医药发展的领头羊单位，医院积极带领县乡两级医疗卫生机构，共同推动中医药、维吾尔医药的推广、传承、发展，促进优质中医医疗资源下沉和中医药在乡镇的传播与传承。
随着中医药复兴进程加快，医院紧抓中医药复兴的时代机遇，锚定建设喀什地区区域中医医疗中心的目标，在上海援疆的支持下，医院新建了上海中医药大学针灸推拿学院新疆巴楚中医药特色诊疗技术交流合作中心暨健康服务人才培训基地，巴楚县中医医院康复中心、巴楚县药食同源研究中心、巴楚县中医医院制剂中心、巴楚县中医医院智慧健康驿站、名中医岐黄学者亢泽峰眼科工作室（巴楚县中医医院）、上海市中医医院针推康临床医学中心上海市非物质文化遗产内功推拿流派儿推工作站（巴楚县中医医院），以及正在规划建设集急诊、康复等功能于一体的巴楚县中医医院综合楼，积极探索、推动中医药创新发展，促进医院更高质量发展。
