南京东南眼科医院创建于2002年，是苏皖地区较早经省卫生厅批准设立的眼科专科医院，是一所集预防、治疗、手术、康复和防盲治盲为一体的大型现代化眼科医疗机构，同时也是东南大学附属中大医院技术协作医院、南京医科大学教学医院、金陵科技学院视光教学医院。专科特色明显，凝聚了一批致力于眼科事业的专业人才，形成老中青相结合的眼科人才梯队；在眼科技术装备方面坚持“高起点、高标准”，投入超过2亿元提高设备水平，引进美国、德国、法国、日本等眼科诊疗设备。强大的诊疗实力逐步形成了华东地区代表性的眼科医院。
南京东南眼科医院以“扫除盲患，播撒光明”为办院宗旨，注重眼科专业理论的普及，谋求社会责任与自身发展的和谐统一，积极倡导和参与眼科防盲、保健、科普等社会公益活动，承担缔结人类光明的神圣责任和使命。医院设有近视眼激光诊疗中心，白内障诊疗中心、斜弱视诊疗中心、医学验光配镜诊疗中心、干眼诊疗中心，老花眼诊疗中心，眼底病诊疗中心、青光眼诊疗中心等16个特色科室。医院形成了眼科精细化、医生专业化、设备现代化、服务人性化、价格平民化的专科特色，赢得了广大市民“治眼病，到东南”的美誉。南京东南眼科医院先后被政府相关部门授予“省市医保定点医院”、“残疾儿童康复机构”、“江苏价格消费者心目中诚信展示单位”、“白内障定点手术医院”等多项荣誉。是江苏省和南京市创建“白内障无障碍省、市”定点手术医院，南京市工伤保险定点医疗机构，南京市低视力康复技术指导中心定点医院，南京市十佳医院，红十字会员单位。
办院宗旨：为大众提供可及的、专业的眼科医疗服务
医院使命：扫除盲患，播撒光明
医院理念：
以医疗质量为生命，尽心、尽责、尽力
以患者需求为中心，真诚、热情、关爱
指导思想：治好一位盲人，幸福一个家庭
奋斗目标：百年东南眼科，百姓满意医院
2003年6月南京东南眼科医院医院入驻南京，2003年爱眼日（6月6日）正式开业
2007年6月南京东南眼科医院被江苏省卫生厅，江苏省残联指定为“创建白内障无障碍省”扶贫定点医院，成为南京市创建白内障无障碍市城区两家定点手术医院之一。
2011年度南京市“百万贫困白内障患者复明工程”在东南眼科医院启动。
2012年10月南京东南眼科医院荣获“南京市首届社会示范项目”授牌。
2018年5月南京东南眼科医院与南京东南大学附属中大医院结为技术协作医院，两家医院将整合优质医疗资源，实现资源、人才、物力的合力及技术共享，为患者提供更加优质的眼科诊疗服务！
6月南京东南眼科医院被评为南京医科大学教学医院，将充分利用南京医科大学临床专科学院（系）资源优势，提升相关科室综合实力，强化人才培养和教学硬件设施，实现医疗卫生软实力新提升。
2022年6月我院被授予“intralase 飞秒激光示范中心”“宇航飞秒无刀ICL创新基地”。
2003年度南京市卫生系统十佳医院
2004年度全国明明白白消费十佳放心医院
2013-2014年度先进职工之家
爱心单位
2010年诚信服务单位
2005年首届《江苏价格》消费者心目中价格诚信展示单位
第二届“据说3 15”南京民生服务行业满意度调查满意单位
